[PerlChina] Re: 在我遇到的这种情况下散列和数组哪个快？

BitArray我不熟，不过这个同构异形体好象还不太一样。。。
比如我们设定散列：
my %code_of = (
A => 0,
G => 1,
C => 2,
T => 3
);

这样确实可以满足A（00）和T（11）互补以及G（01）和C（10）互补。但是核甘酸序列的书写是有方向的,生物化学中的叫法是从5撇端向3撇端方
向。彼此为互补链的两条序列书写时的方向要反过来。
比如一个四核甘酸：ATAC。对应的互补序列是GTAT而不是TATG。因为他的互补时的方向是这样的：
|-ATAC->
||||
<-TATG-|

这里"|-" 表示DNA链的开始方向，箭头"->"表示链终止方向。竖线表示上下两个核甘酸可以按照碱基互补原则配对。
专业一点的写法是这样：
5`-ATAC-3`
||||
3`-TATG-5`

为了省事，大家约定书写核甘酸序列都按从5撇到3撇的方向写。所以3`-TATG-5`的简写就是GTAT，完整写出来是5`-GTAT-3`
所以，ATAC的位运算表示是00110010，其互补链GTAT是01110011
这个和你说的同构异形还要加一个字符串反向的步骤。

在我写的那个脚本里是按照"先反向再替换"来得到互补链的：

$str[0] = uc( substr($seq,$i,$len) ); #从序列中截取一个短串
$str[1] = lc( reverse($str[0]) ); #先反向
$str[1] =~ s{a}{T}g;
$str[1] =~ s{t}{A}g;
$str[1] =~ s{g}{C}g;
$str[1] =~ s{c}{G}g; #以上以此替换，得到互补链

On 9月27日, 下午12时35分, agentzh <agen...@gmail.com> wrote:
> 2009/9/25 空格 <ribozyme2...@gmail.com>
>
> > 简单说，就是找到一个15bp串的时候，要同时把这个序列掉个，再按照AT互补GC互补的情况处理。生成的序列同样是应该考虑的一种情况。
>
> 这个可以在向 BitArray 注册序列时，把其"同构异形体也一并注册了 :) 在输出比特为 0 的对应序列的过程中，亦可将当前输出序列的同构异形体也在
> BitArray 中注册为比特 1，这样后面就不会重复输出了。所以应当是加几行 C++ 代码的交情，哈哈！不知道我说的对不对？
>
> Cheers,
> -agentzh
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