2011年6月24日星期五

Re: [PerlChina] perl多线程如何控制

joinable应该是可以实现,但在perl5.8.8中是没有的吧?

在 2011年6月24日 下午4:26,老邪 <swansun95@gmail.com>写道:
n久前写过的一个例子,供参考一下

use strict;
use threads;
use threads::shared; # 涉及到一些进程间变量的共享,用这个模块

my $process = 4;
my $child_num = 0;

while (1) {

    if ($child_num < $process){
        my $params = '..........';
        my $thr = threads->create(\&start_thread, $params);
        $child_num ++;
    }

    foreach my $t(threads->list(threads::joinable)){
        $t->join();
        $child_num --;
    }

    # all tasks done and no running child, then exit
    if ( "tasks done" && $child_num==0){
        exit;
    }

}

sub start_thread(){
    # do actually task here
    ............
}

2011/6/24 梁舒华 <suker413@gmail.com>
大家好!我想执行1000个线程,但每次同时执行的最大线程数目为4,这四条线程执行完后再执行另外四条线程,以下代码能实现这个要求。但这样不能充分利用cpu,能不能实现只要一条线程结束就马上生成新的线程,不要等四条都结束才建新的四条线程?

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use threads;
use Thread::Semaphore;
 
my $max_thread = 4;
my $semaphore = Thread::Semaphore new( $max_thread );
 
sub TestFun
{
    my $num = shift;
        print "print $num in thread ".threads->self()->tid()."\n";
        sleep( 1 );
    }
    # 线程技术,释放一个信号量
    $semaphore->up( );
}
 
sub Wait2Quit
{
    print "Waiting to quit...\n";
 
    my $num = 0;
    while( $num < $max_thread )
    {
        # 尝试获取信号量,当能够获取到最大线程数个信号量时,表示所有线程都结束了
        $semaphore->down( );
        $num ++;
        print "$num thread quit.\n";
    }
    print "All $max_thread thread quit.\n";
}
 
for( my $index = 1; $index <= 1000; $index ++)
{
    # 获取一个信号量,控制并行的线程数量
    $semaphore->down( );
    my $thread = threads->create( &TestFun, $index );
 
    # 剥离线程,不关心返回值,系统自动回收资源
    $thread->detach();
}
 
Wait2Quit( );

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Re: [PerlChina] perl多线程如何控制

n久前写过的一个例子,供参考一下

use strict;
use threads;
use threads::shared; # 涉及到一些进程间变量的共享,用这个模块

my $process = 4;
my $child_num = 0;

while (1) {

    if ($child_num < $process){
        my $params = '..........';
        my $thr = threads->create(\&start_thread, $params);
        $child_num ++;
    }

    foreach my $t(threads->list(threads::joinable)){
        $t->join();
        $child_num --;
    }

    # all tasks done and no running child, then exit
    if ( "tasks done" && $child_num==0){
        exit;
    }

}

sub start_thread(){
    # do actually task here
    ............
}

2011/6/24 梁舒华 <suker413@gmail.com>
大家好!我想执行1000个线程,但每次同时执行的最大线程数目为4,这四条线程执行完后再执行另外四条线程,以下代码能实现这个要求。但这样不能充分利用cpu,能不能实现只要一条线程结束就马上生成新的线程,不要等四条都结束才建新的四条线程?

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use threads;
use Thread::Semaphore;
 
my $max_thread = 4;
my $semaphore = Thread::Semaphore new( $max_thread );
 
sub TestFun
{
    my $num = shift;
        print "print $num in thread ".threads->self()->tid()."\n";
        sleep( 1 );
    }
    # 线程技术,释放一个信号量
    $semaphore->up( );
}
 
sub Wait2Quit
{
    print "Waiting to quit...\n";
 
    my $num = 0;
    while( $num < $max_thread )
    {
        # 尝试获取信号量,当能够获取到最大线程数个信号量时,表示所有线程都结束了
        $semaphore->down( );
        $num ++;
        print "$num thread quit.\n";
    }
    print "All $max_thread thread quit.\n";
}
 
for( my $index = 1; $index <= 1000; $index ++)
{
    # 获取一个信号量,控制并行的线程数量
    $semaphore->down( );
    my $thread = threads->create( &TestFun, $index );
 
    # 剥离线程,不关心返回值,系统自动回收资源
    $thread->detach();
}
 
Wait2Quit( );

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2011年6月23日星期四

Re: [PerlChina] perl多线程如何控制

我建议你永远只起4个线程,然后在每个线程里while (1) {.....},不断地去任务队列里取任务做。

也就是线程池技术。

在 2011年6月24日 上午10:51,Michael Zeng <galaxy2004@gmail.com>写道:
用 wait  , fork 这种就行了吧,很容易控制的
 
网上查下,
 


 
2011/6/24 梁舒华 <suker413@gmail.com>
大家好!我想执行1000个线程,但每次同时执行的最大线程数目为4,这四条线程执行完后再执行另外四条线程,以下代码能实现这个要求。但这样不能充分利用cpu,能不能实现只要一条线程结束就马上生成新的线程,不要等四条都结束才建新的四条线程?

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use threads;
use Thread::Semaphore;
 
my $max_thread = 4;
my $semaphore = Thread::Semaphore new( $max_thread );
 
sub TestFun
{
    my $num = shift;
        print "print $num in thread ".threads->self()->tid()."\n";
        sleep( 1 );
    }
    # 线程技术,释放一个信号量
    $semaphore->up( );
}
 
sub Wait2Quit
{
    print "Waiting to quit...\n";
 
    my $num = 0;
    while( $num < $max_thread )
    {
        # 尝试获取信号量,当能够获取到最大线程数个信号量时,表示所有线程都结束了
        $semaphore->down( );
        $num ++;
        print "$num thread quit.\n";
    }
    print "All $max_thread thread quit.\n";
}
 
for( my $index = 1; $index <= 1000; $index ++)
{
    # 获取一个信号量,控制并行的线程数量
    $semaphore->down( );
    my $thread = threads->create( &TestFun, $index );
 
    # 剥离线程,不关心返回值,系统自动回收资源
    $thread->detach();
}
 
Wait2Quit( );

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Re: [PerlChina] perl多线程如何控制

用 wait  , fork 这种就行了吧,很容易控制的
 
网上查下,
 


 
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大家好!我想执行1000个线程,但每次同时执行的最大线程数目为4,这四条线程执行完后再执行另外四条线程,以下代码能实现这个要求。但这样不能充分利用cpu,能不能实现只要一条线程结束就马上生成新的线程,不要等四条都结束才建新的四条线程?

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use threads;
use Thread::Semaphore;
 
my $max_thread = 4;
my $semaphore = Thread::Semaphore new( $max_thread );
 
sub TestFun
{
    my $num = shift;
        print "print $num in thread ".threads->self()->tid()."\n";
        sleep( 1 );
    }
    # 线程技术,释放一个信号量
    $semaphore->up( );
}
 
sub Wait2Quit
{
    print "Waiting to quit...\n";
 
    my $num = 0;
    while( $num < $max_thread )
    {
        # 尝试获取信号量,当能够获取到最大线程数个信号量时,表示所有线程都结束了
        $semaphore->down( );
        $num ++;
        print "$num thread quit.\n";
    }
    print "All $max_thread thread quit.\n";
}
 
for( my $index = 1; $index <= 1000; $index ++)
{
    # 获取一个信号量,控制并行的线程数量
    $semaphore->down( );
    my $thread = threads->create( &TestFun, $index );
 
    # 剥离线程,不关心返回值,系统自动回收资源
    $thread->detach();
}
 
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{
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    }
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}
 
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        $num ++;
        print "$num thread quit.\n";
    }
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}
 
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{
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    $semaphore->down( );
    my $thread = threads->create( &TestFun, $index );
 
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    $thread->detach();
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Re: [PerlChina] [perlchina] 通告:Perl开源技术大会将于7月2日在北京举行

好啊。

在 2011年6月23日 下午11:24,蒋宇捷 <hfahe@163.com>写道:

图灵可以赞助《Perl高效编程》的书籍,我来促成一下。

 

From: perlchina+bnccnp_xy-hdxd257lubboep2xjbw@googlegroups.com [mailto:perlchina+bnccnp_xy-hdxd257lubboep2xjbw@googlegroups.com] On Behalf Of Achilles Xu
Sent: 2011
513 12:31
To: perlchina
Subject: [PerlChina] [perlchina]
通告:Perl开源技术大会将于72日在北京举行

 

PerlChina主办,ChinaCache协办,于201172号星期六在北京举行的Perl开源技术大会是一个免费的开源技术交流会,大会全天,向所有对开源技术感兴趣的朋友开放。

大会的主题为 Perl, Database, Javascript, erlang, 分布式,集群Lua等开源软件。演讲会在两个厅同时进行,其中一个厅以 Perl 内容为主,另一个厅是所有其他的主题。

此次会议很荣幸邀请到Perl6的核心领导者Jnthn过来,跟大家分享一些Talk

欢迎大家前来参加,
报名地址: http://conference.perlchina.org/bjpw2011/
请注意注册以后,还要确认参加大会。参加过前几届会议的用户直接登录确认即可。

同时也希望大家踊跃贡献演讲,
提交演讲地址:  http://conference.perlchina.org/bjpw2011/newtalk
查看已有演讲地址:   http://conference.perlchina.org/bjpw2011/talks


赞助商对大会的成功举办非常重要。我们接受书籍,小礼品和现金的赞助方式。我们也为赞助商提供相应的回报,列下:

   
通过对开源大会的赞助来提升企业形象
   
在大会上对特定人群进行员工招募(请提前和大会组织者确认)
   
大会主页提供贵公司的图标和链接
   
在大会的开幕和闭幕上对贵公司的赞助口头感谢
   
在新闻发布里把贵公司列为赞助商
   
向大会提供贵公司的小礼品和宣传品

如果您对赞助感兴趣,请联系我们:formalin14 at gmail dot com QQ 29 19 61 59


也请各位爱好者广为转发该消息,谢谢。

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Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

太热闹了,在Perl列表里谈论生物信息

2011/6/23 xiumu <yangyang445544@126.com>:
> 谢谢大伙了・・・・・・・・・让这个沉下去吧
>
> On 6月23日, 上午11时12分, xiumu <yangyang445...@126.com> wrote:
>> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
>> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>>
>> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>>
>> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >:注释行
>>
>> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
>> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
>> 数据内容>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
>> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
>> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>
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[PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

谢谢大伙了・・・・・・・・・让这个沉下去吧

On 6月23日, 上午11时12分, xiumu <yangyang445...@126.com> wrote:
> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >:注释行
>
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> 数据内容>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA

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RE: [PerlChina] [perlchina] 通告:Perl开源技术大会将于7月2日在北京举行

图灵可以赞助《Perl高效编程》的书籍,我来促成一下。

 

From: perlchina+bnccnp_xy-hdxd257lubboep2xjbw@googlegroups.com [mailto:perlchina+bnccnp_xy-hdxd257lubboep2xjbw@googlegroups.com] On Behalf Of Achilles Xu
Sent: 2011
513 12:31
To: perlchina
Subject: [PerlChina] [perlchina]
通告:Perl开源技术大会将于72日在北京举行

 

PerlChina主办,ChinaCache协办,于201172号星期六在北京举行的Perl开源技术大会是一个免费的开源技术交流会,大会全天,向所有对开源技术感兴趣的朋友开放。

大会的主题为 Perl, Database, Javascript, erlang, 分布式,集群Lua等开源软件。演讲会在两个厅同时进行,其中一个厅以 Perl 内容为主,另一个厅是所有其他的主题。

此次会议很荣幸邀请到Perl6的核心领导者Jnthn过来,跟大家分享一些Talk

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报名地址: http://conference.perlchina.org/bjpw2011/
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同时也希望大家踊跃贡献演讲,
提交演讲地址:  http://conference.perlchina.org/bjpw2011/newtalk
查看已有演讲地址:   http://conference.perlchina.org/bjpw2011/talks


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Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

On 06/23/2011 05:51 PM, yixf wrote:
不用Bioperl,直接使用hash也很容易实现的。不过bioperl的普适性更好,毕竟bioperl的诞生 就是为了解决大家都会遇到的问题。
如果学完perl,还不会用hash,那就无话可说了。

在 2011年6月23日 下午5:13,xiumu <yangyang445544@126.com>写 道:
最好不要引用什么东西,就是单纯的程序就能实现。20种氨基酸比较多,写一个剩下的我自己 补就好了。程序越容易理解越好

On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> 写的很乱,请参考。附件有序列文件和程序文件
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
> ###//////////////程序名称:..
> ###//////////////作者:盛夏
> ###//////////////时间:2011/06/22
> ###//////////////备注:序列处理部分的代码来源于 柳城
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3";    #指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n");               #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/   = '>'; #输入记录分隔符,默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc,     ">disc_$filename";     ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq,     ">seq_$filename";     ## 生成一个文件保存序列信息
> open all,     ">all_$filename";     ## 生成一个文件记录完整的信息
> while (<FASTA>) {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0];                ## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g;        ## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i];     ##把多行的Fasta序列转为一行}
>
>  @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
>  if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
>  }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> }
>
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> }
>
>  close disc;                                    ## 关闭文件
> close seq;                                     ## 关闭文件
> close all;                                     ## 关闭文件
>
> }
>
> closedir(DIR);                                  ## 关闭目录
>
> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >     >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>
> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > 数据内容
> > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G
> > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
> > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>
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> > 若有更多问题,请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访 问此网上论坛。
>
> --
> Best regards,
> Liu Jie
>
> 020-32015312
> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/
>
>  Protein seq.fasta
> < 1K查看下载
>
>  1.pl
> 2K查看下载

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这是我写的一个程序,使用者自己加上其他的氨基酸三字母表示形式,经测试无误,学学Bioperl的模块吧,方便快捷
#!/usr/bin/perl
#===============================================================================
#
#         FILE:  fasta.pl
#
#        USAGE:  ./fasta.pl
#
#  DESCRIPTION:  in response
#
#       AUTHOR:  ocrack
#      CREATED:  06/23/2011 09:23:54 PM
#===============================================================================

use strict;
use warnings;

my $desc;
my $seq = '';

while (<DATA>) {
    next, unless (chomp);
    if (/^>(.+)/) {
        &process_seq($seq), unless ($seq eq '');
        $seq  = '';
        &process_desc($1);
    }
    else {
        $seq .= uc;
    }
}
&process_seq($seq);

sub process_desc() {
    my @desc = split /\|/, shift;
    print "seqence annotation is:\n", join( "\t", @desc ), "\n";

}

sub process_seq() {
    my %triples = qw(M Met C Cys);#need to add others triple aa
    my $seq     = shift;
    $seq =~ s/[\s\t]//g;
    print "triple aa sequence is:\n";
    foreach ( split // , $seq ) {
        print $triples{$_};
    }
    print "\n";

}
__DATA__
>a|b
MCM
>c|d
CCM

Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

On 06/23/2011 11:12 AM, xiumu wrote:
> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
>> 1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >:注释行
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> 数据内容
>> 1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>> 1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>> 1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>> 1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>
下面是我写的一个程序,经测试无误,需补齐其他氨基酸的三字母表示形式
#!/usr/bin/perl
#===============================================================================
#
# FILE: fasta.pl
#
# USAGE: ./fasta.pl
#
# DESCRIPTION: in response
#
# AUTHOR: ocrack
# CREATED: 06/23/2011 09:23:54 PM
#===============================================================================

use strict;
use warnings;

my $desc;
my $seq = '';

while (<DATA>) {
next, unless (chomp);
if (/^>(.+)/) {
&process_seq($seq), unless ($seq eq '');
$seq = '';
&process_desc($1);
}
else {
$seq .= uc;
}
}
&process_seq($seq);

sub process_desc() {
my @desc = split /\|/, shift;
print "seqence annotation is:\n", join( "\t", @desc ), "\n";

}

sub process_seq() {
my %triples = qw(M Met C Cys);#need to add others triple aa
my $seq = shift;
$seq =~ s/[\s\t]//g;
print "triple aa sequence is:\n";
foreach ( split // , $seq ) {
print $triples{$_};
}
print "\n";

}
__DATA__
>a|b
MCM
>c|d
CCM

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Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my ($from,$to) = ('A','Ala');

while (<DATA>)
{
chomp;
if ( ! /^>/)
{
s/$from/$to/g;
}
print "$_\n";
}


__DATA__
>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA






----- Original Message -----
From: "xiumu" <yangyang445544@126.com>
To: "PerlChina Mongers 讨论组" <perlchina@googlegroups.com>
Sent: Thursday, June 23, 2011 11:12 AM
Subject: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序


> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
>>1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >:注释行
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> 数据内容
>>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

不用Bioperl,直接使用hash也很容易实现的。不过bioperl的普适性更好,毕竟bioperl的诞生就是为了解决大家都会遇到的问题。
如果学完perl,还不会用hash,那就无话可说了。

在 2011年6月23日 下午5:13,xiumu <yangyang445544@126.com>写道:
最好不要引用什么东西,就是单纯的程序就能实现。20种氨基酸比较多,写一个剩下的我自己补就好了。程序越容易理解越好

On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> 写的很乱,请参考。附件有序列文件和程序文件
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
> ###//////////////程序名称:..
> ###//////////////作者:盛夏
> ###//////////////时间:2011/06/22
> ###//////////////备注:序列处理部分的代码来源于 柳城
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3";    #指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n");               #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/   = '>'; #输入记录分隔符,默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc,     ">disc_$filename";     ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq,     ">seq_$filename";     ## 生成一个文件保存序列信息
> open all,     ">all_$filename";     ## 生成一个文件记录完整的信息
> while (<FASTA>) {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0];                ## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g;        ## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i];     ##把多行的Fasta序列转为一行}
>
>  @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
>  if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
>  }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> }
>
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> }
>
>  close disc;                                    ## 关闭文件
> close seq;                                     ## 关闭文件
> close all;                                     ## 关闭文件
>
> }
>
> closedir(DIR);                                  ## 关闭目录
>
> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >     >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>
> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > 数据内容
> > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G
> > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
> > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
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[PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

最好不要引用什么东西,就是单纯的程序就能实现。20种氨基酸比较多,写一个剩下的我自己补就好了。程序越容易理解越好

On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> 写的很乱,请参考。附件有序列文件和程序文件
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
> ###//////////////程序名称:..
> ###//////////////作者:盛夏
> ###//////////////时间:2011/06/22
> ###//////////////备注:序列处理部分的代码来源于 柳城
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/ = '>'; #输入记录分隔符,默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> while (<FASTA>) {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行}
>
> @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
> }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> }
>
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> }
>
> close disc; ## 关闭文件
> close seq; ## 关闭文件
> close all; ## 关闭文件
>
> }
>
> closedir(DIR); ## 关闭目录
>
> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>
> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > 数据内容
> > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G
> > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
> > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>
> > --
> > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。
> > 要向此网上论坛发帖,请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com
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> > 若有更多问题,请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。
>
> --
> Best regards,
> Liu Jie
>
> 020-32015312
> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/
>
> Protein seq.fasta
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>
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[PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

我按照教程安装ActivePerl,并且正确安装完bioperl.有安装个叫PDK的perl可视化软件。不会运行啊・・・・・・・・・・

On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> 写的很乱,请参考。附件有序列文件和程序文件
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
> ###//////////////程序名称:..
> ###//////////////作者:盛夏
> ###//////////////时间:2011/06/22
> ###//////////////备注:序列处理部分的代码来源于 柳城
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ##
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/ = '>'; #输入记录分隔符,默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> while (<FASTA>) {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行}
>
> @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'~'
> if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
> }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> }
>
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> }
>
> close disc; ## 关闭文件
> close seq; ## 关闭文件
> close all; ## 关闭文件
>
> }
>
> closedir(DIR); ## 关闭目录
>
> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>
> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > 数据内容
> > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G
> > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
> > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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> Best regards,
> Liu Jie
>
> 020-32015312
> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/
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Re:Re: Re: Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

en 刚我再看程序,找半天也没看见转换的・・・・  麻烦再改下吧・・・


在 2011-06-23 17:01:39,"jie liu" <liujie.dhu@gmail.com> 写道:
天,刚看了yunbio,原来 '氨基酸3字母表示法'是含三个字母的简称啊。我给的哪个没有实现这个功能。i am sorry for that

2011/6/23 cnhack TNT <cnhacktnt@gmail.com>
我觉得无论有什么客观上的原因, 这种直接上来就求程序神马的问题, 还是别再在邮件列表里发了吧... 
为你自己好, 也是为整个学术,技术环境好.



2011/6/23 杨扬 <yangyang445544@126.com>
这个还是不提了。理解下

在 2011-06-23 14:56:49,"Achilles Xu" <formalin14@gmail.com> 写道:

什么学校啊?

在 2011年6月23日 下午2:52,金玉玮 <aujade2009@gmail.com>写道:
你们学校这不是误人子弟嘛。擦

在 2011年6月23日 下午2:50,杨扬 <yangyang445544@126.com>写道:

首先得承认我们没有好好学。不过我们这个专业是新的专业(生物信息),课程设计老师也没经验,导致我们课程的学习顺序十分混乱,计算机专业大三的课程在我们这种生物专业大一就开课。而且每课的任课老师在讲第一节课的时候,了解完我们之前学过的内容,都表示课程没法继续。 

在 2011-06-23 14:42:45,yixf <yixf1986@gmail.com> 写道:

你们都在网上寻求帮助,老师知道了不伤心吗?

在 2011年6月23日 下午2:40,xiumu <yangyang445544@126.com>写道:
恩   那个是我同学问的・・・・・・・

On 6月23日, 下午12时54分, yixf <yixf1...@gmail.com> wrote:
> 在云生物上不是有程序源码吗?
>
> 在 2011年6月23日 上午11:12,xiumu <yangyang445...@126.com>写道:
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >     >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
>
> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
> > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > 数据内容
> > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG G
> > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF TETDV
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> > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>
> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD DNTIG
> > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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> > 要向此网上论坛发帖,请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com
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> > 若有更多问题,请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。

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Re: Re: Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

天,刚看了yunbio,原来 ‘氨基酸3字母表示法’是含三个字母的简称啊。我给的哪个没有实现这个功能。i am sorry for that

2011/6/23 cnhack TNT <cnhacktnt@gmail.com>
我觉得无论有什么客观上的原因, 这种直接上来就求程序神马的问题, 还是别再在邮件列表里发了吧... 
为你自己好, 也是为整个学术,技术环境好.



2011/6/23 杨扬 <yangyang445544@126.com>
这个还是不提了。理解下

在 2011-06-23 14:56:49,"Achilles Xu" <formalin14@gmail.com> 写道:

什么学校啊?

在 2011年6月23日 下午2:52,金玉玮 <aujade2009@gmail.com>写道:
你们学校这不是误人子弟嘛。擦

在 2011年6月23日 下午2:50,杨扬 <yangyang445544@126.com>写道:

首先得承认我们没有好好学。不过我们这个专业是新的专业(生物信息),课程设计老师也没经验,导致我们课程的学习顺序十分混乱,计算机专业大三的课程在我们这种生物专业大一就开课。而且每课的任课老师在讲第一节课的时候,了解完我们之前学过的内容,都表示课程没法继续。 

在 2011-06-23 14:42:45,yixf <yixf1986@gmail.com> 写道:

你们都在网上寻求帮助,老师知道了不伤心吗?

在 2011年6月23日 下午2:40,xiumu <yangyang445544@126.com>写道:
恩   那个是我同学问的・・・・・・・

On 6月23日, 下午12时54分, yixf <yixf1...@gmail.com> wrote:
> 在云生物上不是有程序源码吗?
>
> 在 2011年6月23日 上午11:12,xiumu <yangyang445...@126.com>写道:
>
>
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> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
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> >     >:注释行
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Re: [PerlChina] perlchina@googlegroups.com 的简略摘要 - “2 个主题”有 3 个帖子

多谢指正。

在 2011年6月23日 上午10:00,msmouse <msmouse@gmail.com>写道:
发现网页的title还是6月11号
----------------------------------
msmouse@gmail.com



2011/6/22 Achilles Xu <formalin14@gmail.com>
perl大会 2011
在 2011年6月21日 下午3:27,hu dai <daihuxyz@gmail.com>写道:

Perl Language 最近有活动? 我也想参加。北京地区的。有木有????

2011/6/21 <perlchina+noreply@googlegroups.com>

网上论坛: http://groups.google.com/group/perlchina/topics

    Robin Lee <robinlee.sysu@gmail.com> Jun 21 02:08AM +0800 ^
     
    * 中山大学硕士研究生二年级,逻辑学专业
    * 编程语言: Perl/Python/C/C++
    * Web应用框架: Mojolicious/Django/CGI.pm/Catalyst/Zope2
    * Fedora 更多...
    "Qiang (James)" <shijialee@gmail.com> Jun 20 07:46PM +0800 ^
     
    On 06/20/2011 06:11 PM, jack black wrote:
    > 请问如何确认参加?
    > 下表括号中的是确认参加的人数吧。一共就8人确认。
    更多...

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Thanks and Best Regards!
Hu.Dai

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Re: Re: Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

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为你自己好, 也是为整个学术,技术环境好.



2011/6/23 杨扬 <yangyang445544@126.com>
这个还是不提了。理解下

在 2011-06-23 14:56:49,"Achilles Xu" <formalin14@gmail.com> 写道:

什么学校啊?

在 2011年6月23日 下午2:52,金玉玮 <aujade2009@gmail.com>写道:
你们学校这不是误人子弟嘛。擦

在 2011年6月23日 下午2:50,杨扬 <yangyang445544@126.com>写道:

首先得承认我们没有好好学。不过我们这个专业是新的专业(生物信息),课程设计老师也没经验,导致我们课程的学习顺序十分混乱,计算机专业大三的课程在我们这种生物专业大一就开课。而且每课的任课老师在讲第一节课的时候,了解完我们之前学过的内容,都表示课程没法继续。 

在 2011-06-23 14:42:45,yixf <yixf1986@gmail.com> 写道:

你们都在网上寻求帮助,老师知道了不伤心吗?

在 2011年6月23日 下午2:40,xiumu <yangyang445544@126.com>写道:
恩   那个是我同学问的・・・・・・・

On 6月23日, 下午12时54分, yixf <yixf1...@gmail.com> wrote:
> 在云生物上不是有程序源码吗?
>
> 在 2011年6月23日 上午11:12,xiumu <yangyang445...@126.com>写道:
>
>
>
>
>
>
>
> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式,了解FASTA格式的含义,用perl编写程序分离注释行内容,分离蛋白质序列,并转变成氨基酸三字母表示
> > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程,解释含义。
>
> > 承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好
>
> > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >     >:注释行
>
> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA WAVAM
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> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV NGKYQ
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Achilles Xu

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