2011年12月9日星期五

Re: [PerlChina] Re: 急问！同样的程序不能say OUT到file但是可以say到screen这是为什么啊

对，ms不是perl的数据结构，  perl的带 -> 的，清楚些

2011/12/9 Shou Ya <zxyzxy12321@gmail.com>
�下是C/Java程序�? �不是很有Perl程序��有的那��格啊.

在 2011年11月28日 上午9:53，mandova <mandova1005@yahoo.cn> 写道：
> z这样呀~
>
> #!usr/bin/perl -w
> use 5.010;
>
>
> $a[0][1]=0.1;  $a[0][2]=0.2;  $a[0][3]=0.6;  $a[0][4]=0.1; # 4
> starting probs
> $a[1][0]=0.1;  $a[2][0]=0.2;  $a[3][0]=0.6;  $a[4][0]=0.1; # 4 ending
> probs
> $a[1][1]=0.1;  $a[1][2]=0.7;  $a[1][3]=0.1;  $a[1][4]=0.1;
> $a[2][1]=0.1;  $a[2][2]=0.75;  $a[2][3]=0.1;  $a[2][4]=0.05;
> $a[3][1]=0.3;  $a[3][2]=0.2;  $a[3][3]=0.4;  $a[3][4]=0.1;
> $a[4][1]=0.2;  $a[4][2]=0.2;  $a[4][3]=0.4;  $a[4][4]=0.2;
>
> @lamda=(0,1,8,4,30);
>
> sub Poi # $_[0] is lambda, $_[1] is x.
> {
>   $aa=exp(-$_[0])*$_[0]**$_[1];
>   if($_[1]>1)
>   {
>      foreach $frac(1..$_[1]) { $aa=$aa/$frac; }
>   }
>   $aa;
> }
>
>  if(!open OUT, ">", "nor_debug") { die "can't open processing middle
> file for nor!"; }
>
> $delta=1;
> $itr=1;
> while(($delta>0.00001)&&($itr<100000))
> {
>   say OUT "begin itr: $itr";
>   foreach $ch(1..22)
>   {
>      if(!open IN, "<", "nor$ch.fs") { die "can't open full sites for
> chromosome $ch!"; }
>
>
>      @x=(0);
>      $L=0;
>      while(<IN>)
>      {
>         chomp;
>         if(/\d+\t(\d+)/) { push(@x,$1); $L++;}
>      }
>      close IN;
>      @s=();
>      @f=();
>      $f[0][0]=1; $f[1][0]=0; $f[2][0]=0; $f[3][0]=0; $f[4][0]=0;
>      $s[0]=1;
>      foreach $m(1..4)
>      {
>         $f[$m][1] += &Poi($lamda[$m],$x[1]) * $a[0][$m];
>         $s[1] += $f[$m][1];
>      }
>      foreach $m(1..4)
>      {
>         $f[$m][1]/=$s[1];
>      }
>
>      foreach $i(2..$L)
>      {
>         $im=$i-1;
>         foreach $k(1..4)
>         {
>            foreach $q(1..4)
>            {
>               $f[$k][$i] += $f[$q][$im] * $a[$q][$k];
>            }
>            $f[$k][$i] *= &Poi($lamda[$k],$x[$i]);
>            $s[$i] += $f[$k][$i];
>         }
>         foreach $k(1..4)
>         {
>            $f[$k][$i]/=$s[$i];
>         }
>      }
>
>      foreach $k(1..4)  # calcu P(X)!
>      {
>         $px+=$f[$k][$L]*$a[$k][0];
>      }
>      say OUT "finished XX for chromosome $ch!";
> ......
>
> 呐，就两个say之间，砍到while后面没有，while里面什么也不做的时候就可以say OUT了。。。
> ps那个f[$k]是一个有150w个以上的分量的数组，我算到100万多一点的时候就变成-NaN了。。。。。。这又是另一个问题了。。。。。
>
> On 11月27日, 下午9时31分, cnhack TNT <cnhack...@gmail.com> wrote:
>> 额。。。麻烦多贴些相关代码成么? 不然要大家瞎子摸黑怎么个帮法儿？
>> 你都说了，砍掉一些语句就有输出了，那不就是你砍掉的语句有问题么，贴上来分析分析不就清楚了？
>>
>> 2011/11/27 mandova <mandova1...@yahoo.cn>
>>
>>
>>
>> > if(!open OUT,">","<文件名>" ) { die "..."; }
>> > 一直都是这样写的页没有出问题。。。程序一开始运行就应该有一个输出的，但是say OUT没有，如果只是say就有在屏幕上。我把两个应该有输出的地
>> > 方之间的语句砍到一定程度就可以say OUT了。。。
>>
>> > On 11月27日, 下午8时31分, 昨夜星尘 <chun191...@gmail.com> wrote:
>> > > 你的OUT是怎么定义的？定义错误也会出现这种情况。写文件用不了多少内存。
>>
>> > > On 11月27日, 下午4时28分, mandova <mandova1...@yahoo.cn> wrote:
>>
>> > > > 我一直是这样写的，没有用过STDOUT，不知为什么这个程序就不行了。我试着把两个输出之间的语句减少看是否能够输出，答案是可以的（但是是没有任何
>> > > > 道理啊。。）
>> > > > 中间语句多到一定程度就不能写到文件里（文件始终为空），而我把OUT去掉就一直会持续地在屏幕上有输出。
>> > > > 我现在觉得是内存的问题。。。因为中间处理的数据很大。不了解写文件的动作要占用多少内存，似乎是压死骆驼的那最后一根稻草。。
>>
>> > > > On 11月27日, 下午3时26分, Robin Lee <robinlee.s...@gmail.com> wrote:
>>
>> > > > > 应该改成 STDOUT ？
>>
>> > > > > 2011/11/27 mandova <mandova1...@yahoo.cn>
>>
>> > > > > > 改成print也不行，文件打开没有报错，就是死活写不进文件啊~~~把OUT去掉就可以写在屏幕上。。。。- 隐藏被引用文字 -
>>
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Ya Shou
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