Re: [PerlChina] Re: DNA,DG值。

读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了

   

在 2011年7月14日 下午4:02，jie liu <liujie.dhu@gmail.com>写道：

我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。

但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...）

2011/7/14 nixin <nicene714@gmail.com>

果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。

On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <riye...@gmail.com> wrote:
> 图论解法：
>
> 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法；
> 这里只举了个10x10的小例子
> 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限
>
> use strict;
> use Graph::Clique;
>
> my @edges;
> my %h;
> my $nnz;  # num of non-zeros
>
> # build up undirected graph
>
> while(<DATA>){
> my $i = $.+1;
>  my @a = split(/ /,$_);
>  for my $j (0..$#a){
>   if ($a[$j]){
>    $nnz++;
> my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
> $h{$e}++;
>   }
>  }
>
> }
>
> foreach my $key (sort keys %h){
> my @a = split(/\,/, $key);
> push @edges, [@a];
>
> }
>
> # find maximal clique
>
> my @cliques;
>
> for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){
>  @cliques = getcliques($k,\@edges);
>  if ($#cliques >=0){
>   last;
>  }
>
> }
>
> print join("\n", @cliques),"\n";
>
> __DATA__
> 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0
> 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0

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Best regards,

Liu Jie

 

020-32015312

Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Sciences 

http://www.gibh.cas.cn/

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Yours, Yan Zhu

Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences

Datun Rd.
Chaoyang District
Beijing 100101
P. R. China

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