[PerlChina] Re: 请教一个bioinformatics问题――质粒作图

很赞！
谢谢前辈哈

On 11月12日, 下午2时46分, "Jester"<jes...@perlchina.org> wrote:
> 不好意思，差点忘记了这个事情。
> 幸好今天突然想起来了，刚才找到了原来的程序。
> 顺带把原来用的数据集也付上了，这样可能比较容易理解些。
>
> 呵呵，惭愧，很久不用了，自己读起来也有点迷糊了。原始注解不多，有问题再讨论吧。
> 大致的思路就是我前面说过的。但是因为当时经常给不同的数据做图，所以设了一些变量用来针对不同数据调节图像，使它好看些。
> 当时就靠读perldoc GD，自己瞎琢磨，也没找到怎么画出圆弧的办法，所以用的是polygon
> 很多年前做的，写的可能比较难看哦，见笑哈......
>
> Jester，jes...@perlchina.org
> 2009-11-12
>
> ----- Original Message -----
> From: Fangyuan
> To: PerlChina Mongers 讨论组
> Sent: 2009-11-04, 17:36:57
> Subject: [PerlChina] Re: 请教一个bioinformatics问题----质粒作图
>
> >Jester,
>
> >这张图很酷呀，正是我想想的类型。请问这张图是你用GD写的程序得到的结果吗？
>
> >很希望能看到你的源程序，呵呵，这样做起来就容易多了。
>
> >不知你能否提示下具体的思路。
>
> >谢谢你的回复 ！
>
> >On 11月4日, 上午10时46分, "Jester" wrote:
> >> 呵呵在机器上找到一个，多年前作的圈图，不知道是不是你想要的样子。不过，原程序一时不知道放哪里了......:(
>
> >> 其实挺简单，就是GD，按照每个基因的位置计算在圆周上的位置（平面几何，中学知识），然后用polygen做。
> >> 我没有做箭头（会比较复杂一些），而是用了内外圈表示正负链。当然如果是小质粒，做个箭头会更好看些。
> >> 里面的两个是GC content和GC skew，可有可无，只为了好看而已。
>
> >> Jester，jes...@perlchina.org
> >> 2009-11-04
>
> >> ----- Original Message -----
> >> From: 程方圆
> >> To: perlchina
> >> Sent: 2009-11-02, 17:06:16
> >> Subject: [PerlChina] 请教一个bioinformatics问题----质粒作图
>
> >> 我想用Perl实现质粒作图，不知道如何下手。
> >> BioPerl貌似不能解决这个问题，Bio::Graphics只能做线性的图。
>
> >> 这个问题实在不知道该怎么入手，希望高手能指点一二。
>
> >> 谢谢！
>
> >> fangyuan
> >> 2009-11-02
>
> >> P2_circular_map.png
> >> 23K查看下载
>
>
>
> DrawCircularMap4plasmid.pl
> 11K查看下载
>
> circular_data.txt
> 275K查看下载
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