2009/9/22 agentzh <agentzh@gmail.com>
- 接着用它去下标访问我们的 1G 大小的位数组,这个寻址当是极快的。置比特也当是极快的。
这里指的是连续内存数组,或者说 C/C++ 风格的 array而不是基于 scalar 链表的 Perl 数据
这里我们就不关心出现的 15 长度序列的具体次数了。只记录出现过或者未出现过。这样 2 GB RAM 的机器是很够的了 ;)
- 最后,我们遍历这个 1G 位数组,找出比特为 0 的下标,再还原为 ATGC 形式的碱基序列,便是从未出现过的 15 长度的串了,呵呵。
不知这个是否靠谱?哈哈?
Cheers,
-agentzh
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