[PerlChina] Re: 在我遇到的这种情况下散列和数组哪个快？

谢谢，顺便谢楼上的祝位。
今天试着写了一下，确实对内存的消耗很大。我正在想办法。。。

On 9月22日, 上午10时20分, 黄浩 <huanghao19...@gmail.com> wrote:
> 可以每次处理一部分， 分而治之。
> 为了提高运行效率，Perl的实现采取是典型的用空间换时间的做法。所以对内存消耗特别大，而如果用hash的话，消耗就会更大。所以只能每次读一部分到内存，一段段的处理。
>
> 2009/9/22 Jester <jes...@perlchina.org>
>
>
>
> > bioperl好像没有这样的用法......
> > 这种hash直接处理当然是最简单的，不过我觉得可能需要考虑一下内存的问题。
> > 我遇到过处理比较大的序列时，一不小心就out of memory了。:(
> > 不知道哪位有比较节约内存的方法？
>
> > Jester，jes...@perlchina.org
> > 2009-09-22
> > ----- Original Message -----
> > From: Qiang (James) Li
> > To: perlchina
> > Sent: 2009-09-22, 00:03:19
> > Subject: [PerlChina] Re: 在我遇到的这种情况下散列和数组哪个快？
>
> > >2009/9/21 空格 :
> > >> 有一个长度为4.8G的字符串，其中只有四种字母ATGC。按照排列组合数，这四个字母组成的长度为15字符串总共有1｀073｀741｀824种可能
> > >> 性。我想统计一下，这个大字符串中是否包含了所有的长度为15的可能的字串。如果没有包含全部，那么有哪些字串的出现次数为零。
> > >> 为此，我想需要建立一个很大的表，然后从那个超大的字符串中逐个取出长度为15的字串，然后在表中统计其出现次数。这样可以得到结果。
>
> > >不知道 bioperl 里是否有现成的工具，偶不是搞生物的。
>
> > >不过你匹配的时候把满足要求的用 $hash{...}++ 直接统计就可以了，不用把不符合要求的也放到 hash 里。
>
> > >> 我的问题是，这样大的表格，用散列写好还是用二维数组写比较好？或者有什么别的方式实现更可行一些。
>
> > >hash 即可。
>
> > >Qiang
>
> --
> 此致，
> 敬礼！
>
> 黄浩
> 国家高性能计算机工程技术研究中心
> 中国科学院计算技术研究所
> 工作电话:01062600552
> Email：huang...@nrchpc.ac.cn
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