[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

感激不尽。我先研究研究！

On 4月24日, 上午2时56分, a zer <azers...@gmail.com> wrote:
> 以前写的，截取部分，你修改下估计可以用
> sub parse_genbank {
> my $filename = shift;
> open GBFH, $filename;
>
> my ( $fflag, $features, $flag, $seqflag ) = ( 0, 0, 0, 0 );
> my ( $seq, $head, $id, $acc, $cds );
> my $data = {};
>
> foreach ( <GBFH> ) {
> if ( /^LOCUS/ && $flag == 0 ) {
> /^LOCUS\s*(.*\S)\s*$/;
> ( $id = ( $head = $1 ) ) =~ s/\s.*//;
> $features += 1;
> $flag = 1;
> }
> elsif ( /^DEFINITION\s*(.*)/ && $flag == 1 ) {
> $head .= " $1";
> $features += 2;
> }
> elsif ( /^ACCESSION/ && $flag == 1 ) {
> /^ACCESSION\s*(.*\S)\s*$/;
> $head .= " " . ( $acc = $1 );
> $features += 4;
> }
> elsif ( /^FEATURES/ && $flag == 1 ){
> $fflag = 1;
> }
> elsif ( /^ {5}CDS/ && $fflag == 1){
> /^ {5}CDS\s*(.*\S)\s*$/;
> $cds = $1;
> }
> elsif ( /^ORIGIN/ ) {
> $seqflag = 1;
> $features += 8;
> }
> elsif (/^\/\//) { # end of genbank file
> $features += 16;
> }
> elsif ( $seqflag == 0 ) {
> ;
> }
> elsif ( $seqflag == 1 ) {
> $seq .= $_;
> }
> if ( $features == 31 ) {
> $seq =~ tr/a-zA-Z//cd;
> $seq =~ tr/A-Z/a-z/;
> my @pos = split /\.+/, $cds;
> my ($begin,$end) = @pos;
> $data->{_sequence} = $seq;
> $data->{_header} = $head;
> $data->{_id} = $id;
> $data->{_accession} = $acc;
> $data->{_cds} = substr($seq,$begin-1,$end-$begin+1);
> return \$data;
> }
> }
> return;
>
> }
>
> 2009/4/23 guo <sczz...@126.com>
>
>
>
> > 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> > 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> > 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> > 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
> > 即使程序付费，我也愿意。
> > 希望广大perl友帮忙。- 隐藏被引用文字 -
>
> - 显示引用的文字 -
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