Perl China Blog Spot: Re: [PerlChina] Re: DNA,DG值。

谢谢各位哈，总算找到办法了，虽然最终发现是个NPC问题。

另外，请问各位有谁做RNA结构预测相关的事情？

2011/7/15 朱岩 <riyeyan@gmail.com>

不好意思，index搞错了，下面是修改版，用的Jie Liu的矩阵，
得到结果(index从0开始)：
0 1 3
0 1 4
0 2 4
2 4 7
4 7 9
好像vertex number不能取10以上(包括10)...看看能不能根据作者的算法重写吧

use strict;
use Graph::Clique;

my @edges;
my %h;
my $nnz; # num of non-zeros

# build up undirected graph
open F, 'matrix_small.txt' or die;
while(<F>){
my $i = $.-1;

my @a = split(/ /,$_);
for my $j (0..$#a){
if ($a[$j] == 1){

$nnz++;
my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
$h{$e}++;
}
}

}
close F;

foreach my $key (sort keys %h){
my @a = split(/\,/, $key);
push @edges, [@a];

}

# find maximal clique

my @cliques;

for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>0; $k--){
@cliques = getcliques($k,\@edges);

if ($#cliques >=0){ last; }

}

print join("\n", @cliques),"\n";

在 2011年7月14日下午11:16，nixin <nicene714@gmail.com>写道：

google到的matlab的maximal cliques程序：
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/19889-maximal-cliques

On Jul 14, 9:27 pm, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> 附件忘加了，在这个邮件里
>

> 2011/7/14 jie liu <liujie....@gmail.com>

>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> > 朱岩，出了一些状况. 我造了一个无向图的矩阵数据。
> > ------------data----------------
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
> > --------------------
> > 我用matlab可视化了这个graph，请见附件。
>
> > 之后我用你的程序（我把K值改成了K>1）处理这个矩阵，显示的结果是：2，6，9这个节点。这与附件的图矛盾啊，2，6，9实际不是完全连通图啊。怎么回事？我先把结果反馈给大家，同时我也想想
>
> > ------------ perl script--------------------
>
> > use strict;
> > use Graph::Clique;
>
> > my @edges;
> > my %h;
> > my $nnz; # num of non-zeros
>
> > # build up undirected graph
> > open FASTA, "<@ARGV";
> > while (<FASTA>) {
> > my $i = $. + 1;
> > my @a = split( / /, $_ );
> > for my $j ( 0 .. $#a ) {
> > if ( $a[$j] ) {
> > $nnz++;
> > my $e = $i <= $j ? $i . "," . $j : $j . "," . $i;
> > $h{$e}++;
> > }
> > }
> > }
>
> > foreach my $key ( sort keys %h ) {
> > my @a = split( /\,/, $key );
> > push @edges, [@a];
> > }
>
> > # find maximal clique
>
> > my @cliques;
>
> > for ( my $k = int( sqrt($nnz) ) ; $k > 1 ; $k-- ) {
> > @cliques = getcliques( $k, \@edges );
> > if ( $#cliques >= 0 ) {
> > last;
> > }
> > }
>
> > print join( "\n", @cliques ), "\n";
>
> > ------------end--------------------------------

> > 2011/7/14 朱岩 <riye...@gmail.com>

>
> >> 读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了
>

> >> 在 2011年7月14日下午4:02，jie liu <liujie....@gmail.com>写道：

>
> >>> 我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html
> >>> ）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。
>

> >>> 但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...）
>
> >>> 2011/7/14 nixin <nicene...@gmail.com>

>
> >>>> 果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。
>
> >>>> On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <riye...@gmail.com> wrote:
> >>>> > 图论解法：
>
> >>>> > 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法；
> >>>> > 这里只举了个10x10的小例子
> >>>> > 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限
>
> >>>> > use strict;
> >>>> > use Graph::Clique;
>
> >>>> > my @edges;
> >>>> > my %h;
> >>>> > my $nnz; # num of non-zeros
>
> >>>> > # build up undirected graph
>
> >>>> > while(<DATA>){
> >>>> > my $i = $.+1;
> >>>> > my @a = split(/ /,$_);
> >>>> > for my $j (0..$#a){
> >>>> > if ($a[$j]){
> >>>> > $nnz++;
> >>>> > my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
> >>>> > $h{$e}++;
> >>>> > }
> >>>> > }
>
> >>>> > }
>
> >>>> > foreach my $key (sort keys %h){
> >>>> > my @a = split(/\,/, $key);
> >>>> > push @edges, [@a];
>
> >>>> > }
>
> >>>> > # find maximal clique
>
> >>>> > my @cliques;
>
> >>>> > for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){
> >>>> > @cliques = getcliques($k,\@edges);
> >>>> > if ($#cliques >=0){
> >>>> > last;
> >>>> > }
>
> >>>> > }
>
> >>>> > print join("\n", @cliques),"\n";
>
> >>>> > __DATA__
> >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> >>>> > 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0
> >>>> > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1
> >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
> >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> >>>> > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
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2011年7月15日星期五

Re: [PerlChina] Re: DNA,DG值。

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