Perl China Blog Spot: 2009-04-19

2009年4月24日星期五

[PerlChina] EARN $5000-$15000 PER MONTH WITHOUT INVESTMENT

无法查看这则摘要。请点击此处查看博文。

[PerlChina] EARN $5000_$15000 PER MONTH WITHOUT INVESTMENT

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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

其实如果只是要cds序列而且基因组不是很怪异的话。网上有很好的注释好的数据库。
比如这个：
http://www.biomart.org/biomart/martview/7178ef1118712fec84bc18e808e0811a

直接可以得到ensembl测序的几十种基因组的cds exon intron promotor sequence等等以及相关的注释。

从工作效率的角度考虑，建议楼主还是研究一下怎么从这里下载数据。当然如果想学习一下Perl还是研究一下代码吧。
呵呵。。。。

On 4月23日, 下午8时52分, guo <sczz...@126.com> wrote:
> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
> 即使程序付费，我也愿意。
> 希望广大perl友帮忙。
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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

我有现成的程序，从基因组的 chrxxx.gbk文件中提取基因和表达最长cds的序列及其注释信息。
你要什么基因组？我今天下午刚刚还在调试，现有人和鸡的基因组结果文件。
你要程序还是直接要跑完的结果？

[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

你要提取什么？核酸序列？蛋白序列？还是注释？
其实大部分的信息应该NCBI都已经提供有相关的数据直接下载的吧。
仔细找找，比你自己去parse容易很多，也更准确些。

----- Original Message -----
From: "guo" <sczz520@126.com>
To: "PerlChina Mongers 讨论组" <perlchina@googlegroups.com>
Sent: Thursday, April 23, 2009 8:52 PM
Subject: [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
> 即使程序付费，我也愿意。
> 希望广大perl友帮忙。
> >
>
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[PerlChina] SEXY COLLEGE GIRLS HOT SEXY VIDEOS

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2009年4月23日星期四

[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

2009/4/23 jesse <newday.jesse@gmail.com>

看了文章，感觉不错，迫不及待地看了下代码，不错！可惜没有环境测试。

呵呵，多谢 :)

这个项目我又一次应用了 Test::Base 来组织大部分的测试集，呵呵，同时在 fornodes 表达式解析器中又一次使用一种不基于文法的解析技巧。

后面的北京小组聚会，很想分享一下这种 awk 行风格结合 lex 风格[1]的语法解析模式[2]，呵呵。我已经在 N 个项目中使用过了，毕竟日常遇见的大多数"小语言"的语言都足够简单。有机会再分享一下 Perl 里处理更复杂的语言的基于文法的 coding 模式[3].

关于这个项目中的 SSH 通信与并发，几乎都仰赖强大的 Net::OpenSSH 模块 :)

Cheers,
-agentzh

[1] 不过这里的 lexing 不是 DFA 语义。
[2] 这里仅使用 perl 的核心语言结构，不依赖任何 CPAN 模块。
[3] 这里主要就是滥用 Parse::RecDescent 或者 Parse::Yapp 了 ;)

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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

感激不尽。我先研究研究！

On 4月24日, 上午2时56分, a zer <azers...@gmail.com> wrote:
> 以前写的，截取部分，你修改下估计可以用
> sub parse_genbank {
> my $filename = shift;
> open GBFH, $filename;
>
> my ( $fflag, $features, $flag, $seqflag ) = ( 0, 0, 0, 0 );
> my ( $seq, $head, $id, $acc, $cds );
> my $data = {};
>
> foreach ( <GBFH> ) {
> if ( /^LOCUS/ && $flag == 0 ) {
> /^LOCUS\s*(.*\S)\s*$/;
> ( $id = ( $head = $1 ) ) =~ s/\s.*//;
> $features += 1;
> $flag = 1;
> }
> elsif ( /^DEFINITION\s*(.*)/ && $flag == 1 ) {
> $head .= " $1";
> $features += 2;
> }
> elsif ( /^ACCESSION/ && $flag == 1 ) {
> /^ACCESSION\s*(.*\S)\s*$/;
> $head .= " " . ( $acc = $1 );
> $features += 4;
> }
> elsif ( /^FEATURES/ && $flag == 1 ){
> $fflag = 1;
> }
> elsif ( /^ {5}CDS/ && $fflag == 1){
> /^ {5}CDS\s*(.*\S)\s*$/;
> $cds = $1;
> }
> elsif ( /^ORIGIN/ ) {
> $seqflag = 1;
> $features += 8;
> }
> elsif (/^\/\//) { # end of genbank file
> $features += 16;
> }
> elsif ( $seqflag == 0 ) {
> ;
> }
> elsif ( $seqflag == 1 ) {
> $seq .= $_;
> }
> if ( $features == 31 ) {
> $seq =~ tr/a-zA-Z//cd;
> $seq =~ tr/A-Z/a-z/;
> my @pos = split /\.+/, $cds;
> my ($begin,$end) = @pos;
> $data->{_sequence} = $seq;
> $data->{_header} = $head;
> $data->{_id} = $id;
> $data->{_accession} = $acc;
> $data->{_cds} = substr($seq,$begin-1,$end-$begin+1);
> return \$data;
> }
> }
> return;
>
> }
>
> 2009/4/23 guo <sczz...@126.com>
>
>
>
> > 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> > 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> > 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> > 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
> > 即使程序付费，我也愿意。
> > 希望广大perl友帮忙。- 隐藏被引用文字 -
>
> - 显示引用的文字 -
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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

以前写的，截取部分，你修改下估计可以用
sub parse_genbank {
    my $filename = shift;
    open GBFH, $filename;

    my ( $fflag, $features, $flag, $seqflag ) = ( 0, 0, 0, 0 );
    my ( $seq, $head, $id, $acc, $cds );
    my $data = {};

    foreach ( <GBFH> ) {
        if ( /^LOCUS/ && $flag == 0 ) {
            /^LOCUS\s*(.*\S)\s*$/;
            ( $id = ( $head = $1 ) ) =~ s/\s.*//;
            $features += 1;
            $flag = 1;
        }
        elsif ( /^DEFINITION\s*(.*)/ && $flag == 1 ) {
            $head .= " $1";
            $features += 2;
        }
        elsif ( /^ACCESSION/ && $flag == 1 ) {
            /^ACCESSION\s*(.*\S)\s*$/;
            $head .= " " . ( $acc = $1 );
            $features += 4;
        }
        elsif ( /^FEATURES/ && $flag == 1 ){
            $fflag = 1;
        }
        elsif ( /^ {5}CDS/ && $fflag == 1){
            /^ {5}CDS\s*(.*\S)\s*$/;
            $cds = $1;
        }
        elsif ( /^ORIGIN/ ) {
            $seqflag = 1;
            $features += 8;
        }
        elsif (/^\/\//) {       # end of genbank file
            $features += 16;
        }
        elsif ( $seqflag == 0 ) {
            ;
        }
        elsif ( $seqflag == 1 ) {
            $seq .= $_;
        }
        if ( $features == 31 ) {
            $seq =~ tr/a-zA-Z//cd;
            $seq =~ tr/A-Z/a-z/;
            my @pos = split /\.+/, $cds;
            my ($begin,$end) = @pos;
            $data->{_sequence} = $seq;
            $data->{_header}    = $head;
            $data->{_id}        = $id;
            $data->{_accession} = $acc;
            $data->{_cds}       = substr($seq,$begin-1,$end-$begin+1);
            return \$data;
        }
    }
    return;
}

2009/4/23 guo <sczz520@126.com>

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
即使程序付费，我也愿意。
希望广大perl友帮忙。

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[PerlChina] Re: The shortest wiki in perl.

可以用 :-)

2009/4/23 jesse <newday.jesse@gmail.com>

前面那个可以用吗？

我找到了这个http://downlode.org/Wiki/wiki

On 4月23日, 上午10时53分, cnhack TNT <cnhack...@gmail.com> wrote:
> 这个本身就是为了参加 "Shortest Wiki Contest<http://c2.com/cgi/wiki?ShortestWikiContest>"
> 的，当然不能写得很直白
>
> 2009/4/23 jim19gm <jim1...@gmail.com>

>
>
>
> > 程序写成这样。。。一塌糊涂~~~
>
> > 2009-04-23
> > ------------------------------
> > jim19gm
> > ------------------------------
> > *发件人：* cnhack TNT
> > *发送时间：* 2009-04-23 10:44:37
> > *收件人：* perlchina
> > *抄送：*
> > *主题：* [PerlChina] The shortest wiki in perl.
> > Hi all,
>
> > Maybe some of you have already known this, but it's cool anyway, check it
> > out:
>

> >http://web.archive.org/web/20060301215335/http://caseywest.com/code/s...

>
> > :-)

[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

我现在不知道怎么弄的，只剩下Can't find any package that provide DB_File:: for Bundle-BioPerl-Core

这一个提示了，其他的都好了好像。

然后就是nmake这个东西好像没有装

在2009-04-23 23:36:35，xsir317 <xsir317@163.com> 写道：

C:\perl\>CPAN

cpan>install Bundle::BioPerl

然后折腾呀折腾呀。。。就好了

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 22:37:55

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

我安装bioperl时遇到的问题。在ppm search bioperl过后，输入ppm install bioperl后出现以下问题。

C:\Perl>ppm install bioperl

Downloading ActiveState Package Repository packlist...not modified

ppm install failed:

Can't find any package that provide XML-SAX-ExpatXS for Bundle-BioPerl-

Core

Can't find any package that provide GD:: for Bundle-BioPerl-Core

Can't find any package that provide DB_File:: for Bundle-BioPerl-Core

Can't find any package that provide GD:: for GD-SVG

On 4月23日, 下午8时52分, guo <sczz...@126.com> wrote:

> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。

> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

C:\perl\>CPAN

cpan>install Bundle::BioPerl

然后折腾呀折腾呀。。。就好了

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 22:37:55

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

我安装bioperl时遇到的问题。在ppm search bioperl过后，输入ppm install bioperl后出现以下问题。

C:\Perl>ppm install bioperl

Downloading ActiveState Package Repository packlist...not modified

ppm install failed:

Can't find any package that provide XML-SAX-ExpatXS for Bundle-BioPerl-

Core

Can't find any package that provide GD:: for Bundle-BioPerl-Core

Can't find any package that provide DB_File:: for Bundle-BioPerl-Core

Can't find any package that provide GD:: for GD-SVG

On 4月23日, 下午8时52分, guo <sczz...@126.com> wrote:

> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。

> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

> 即使程序付费，我也愿意。

> 希望广大perl友帮忙。

Re: 回复:[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

CDS是指coding sequence,mRNA反转录后就是cDNA,CDS也就是翻译蛋白的部分5'utr-CDS-3'utr 就是
cDNA，cDNA包含有CDS
On 4月23日, 下午10时22分, "Keva－Silent" <q11112...@gmail.com> wrote:
> 什么是CDS
> ------------------
> .........
> Vanity...My favourite sin.
> --<<The Devil's Advocate>>
>
> ------------------ 原始邮件 ------------------
> 发件人: "xsir317"<xsir...@163.com>;
> 发送时间: 2009年4月23日(星期四) 晚上9:15
> 收件人: "perlchina"<perlchina@googlegroups.com>;
>
> 主题: [PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题
>
> http://wiki.perlchina.org/BioPerl%E5%AE%89%E8%A3%85#Windows
>
> 不知道你是不是已经看过了。。。安装似乎很麻烦。。。
>
> 2009-04-23
>
> xsir317
>
> 发件人： guo
> 发送时间： 2009-04-23 20:52:30
> 收件人： PerlChina Mongers 讨论组
> 抄送：
> 主题： [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题
>
> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

我安装bioperl时遇到的问题。在ppm search bioperl过后，输入ppm install bioperl后出现以下问题。
C:\Perl>ppm install bioperl
Downloading ActiveState Package Repository packlist...not modified
ppm install failed:
Can't find any package that provide XML-SAX-ExpatXS for Bundle-BioPerl-
Core
Can't find any package that provide GD:: for Bundle-BioPerl-Core
Can't find any package that provide DB_File:: for Bundle-BioPerl-Core
Can't find any package that provide GD:: for GD-SVG

回复:[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

什么是CDS

------------------

.........

Vanity...My favourite sin.

--<<The Devil's Advocate>>

------------------ 原始邮件 ------------------

发件人: "xsir317"<xsir317@163.com>;

发送时间: 2009年4月23日(星期四) 晚上9:15

收件人: "perlchina"<perlchina@googlegroups.com>;

主题: [PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

http://wiki.perlchina.org/BioPerl%E5%AE%89%E8%A3%85#Windows

不知道你是不是已经看过了。。。安装似乎很麻烦。。。

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 20:52:30

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

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染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

即使程序付费，我也愿意。

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[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

看了文章，感觉不错，迫不及待地看了下代码，不错！可惜没有环境测试。

On 4月23日, 下午8时20分, agentzh <agen...@gmail.com> wrote:
> 2009/4/23 xu zhou <redic...@gmail.com>
>
> > 不过为什么没有做成模块和函数的形式而是直接提供了脚本？
>
> 嗯，fornodes 中的主要逻辑集中到了 SSH::Batch::ForNodes 模块中，而 atnodes/tonodes/key2ssh
> 确实共享了很多代码，其抽象工作是一个 TODO :)
>
> Cheers,
> -agentzh
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[PerlChina] Re: The shortest wiki in perl.

前面那个可以用吗？

我找到了这个http://downlode.org/Wiki/wiki

On 4月23日, 上午10时53分, cnhack TNT <cnhack...@gmail.com> wrote:
> 这个本身就是为了参加 "Shortest Wiki Contest<http://c2.com/cgi/wiki?ShortestWikiContest>"
> 的，当然不能写得很直白
>
> 2009/4/23 jim19gm <jim1...@gmail.com>
>
>
>
> > 程序写成这样。。。一塌糊涂~~~
>
> > 2009-04-23
> > ------------------------------
> > jim19gm
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> > *发件人：* cnhack TNT
> > *发送时间：* 2009-04-23 10:44:37
> > *收件人：* perlchina
> > *抄送：*
> > *主题：* [PerlChina] The shortest wiki in perl.
> > Hi all,
>
> > Maybe some of you have already known this, but it's cool anyway, check it
> > out:
>
> >http://web.archive.org/web/20060301215335/http://caseywest.com/code/s...
>
> > :-)
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[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

费用多少？合适的话联系我们公司。

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来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
即使程序付费，我也愿意。
希望广大perl友帮忙。

[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

不如用 debian/ubuntu 系列，一条命令就 OK 了。这毕竟是面向老奶奶的 linux 呀。

sudo apt-get install bioperl

2009/4/23 xsir317 <xsir317@163.com>

刚刚尝试cpan 安装。。。装了差不多半小时。。。

最后结束了，也不知道安装成功了没。。。

唉。。。瞎折腾了半小时。。。

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 20:52:30

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。

染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

即使程序付费，我也愿意。

希望广大perl友帮忙。

[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

刚刚尝试cpan 安装。。。装了差不多半小时。。。

最后结束了，也不知道安装成功了没。。。

唉。。。瞎折腾了半小时。。。

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 20:52:30

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

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主题： [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。

染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

即使程序付费，我也愿意。

希望广大perl友帮忙。

[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

http://wiki.perlchina.org/BioPerl%E5%AE%89%E8%A3%85#Windows

不知道你是不是已经看过了。。。安装似乎很麻烦。。。

2009-04-23

xsir317

发件人： guo

发送时间： 2009-04-23 20:52:30

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块

来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。

现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。

染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。

即使程序付费，我也愿意。

希望广大perl友帮忙。

[PerlChina] 编写提取染色体CDS的问题

我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
即使程序付费，我也愿意。
希望广大perl友帮忙。
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[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

2009/4/23 xu zhou <redicaps@gmail.com>

不过为什么没有做成模块和函数的形式而是直接提供了脚本？

嗯，fornodes 中的主要逻辑集中到了 SSH::Batch::ForNodes 模块中，而 atnodes/tonodes/key2ssh 确实共享了很多代码，其抽象工作是一个 TODO :)

Cheers,
-agentzh

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[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

赞，这样控制大规模机器的确方便很多了

不过为什么没有做成模块和函数的形式而是直接提供了脚本？

2009/4/23 agentzh <agentzh@gmail.com>

Hi, all~

这些日子我开发了 SSH::Batch 模块，用于大机器集群的操纵。它已经在 CPAN 上了：

   http://search.cpan.org/dist/SSH-Batch/

我刚写了一篇英文的博客文章介绍了一些相关细节，应 cnhackTNT 的提议，也贴到这里来：

   http://blog.agentzh.org/#post-105

其 git 仓库位置在

    http://github.com/agentzh/sshbatch/tree/master

欢迎 branch 它 :) 我会很乐意 pull 你的 branch 的，呵呵。

Best,
-agentzh

Xu Zhou
Tju->PMO->Where?

[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

实现主要是C/S

server 接受各客户端的请求，各客户端发送的聊天消息，服务器主要是做dispatch 分发消息的功能

我想了下服务器可以用select 来监听所有的handle
获得所有准备发送消息的client
分发时准备多线程处理每个分发处理

各客户得到消息，显示消息。

主要问题是线程共享不了复杂数据，只能share标量和共享变量。这不是很鸡肋吗。

我想到了子线程应该可以获得父线程的资源，不过好像不大行。

探索中。先谢谢各位的帮助。

On Apr 22, 1:15 pm, purl lamp <lamp.p...@gmail.com> wrote:
> 阻塞的反义词并非就是多线程，还有多线索。
> 这个领域的选择就很多了。
>
> POE, Coro 都是可以考虑的多线索框架，都比 select 走的更远，也更容易写出成熟的程序。
>
> http://search.cpan.org
>
> 2009/4/22 q11112...@gmail.com <q11112...@gmail.com>
>
> > 请问你打算怎么显示消息。如果是在命令行消息立即显示就会冲掉正在输入的内容。这样就会显示有问题。你是怎么实现的。能不能新打开一个console或
> > shell专门用来显示信息。另外一个专门用来输入信息。用什么方法打开一个console窗口并把句柄传进去。或者在进程内部执行一个perl
> > script，用这个script来处理所有socket，来输出消息。
> > 我现在也在写这个。我使用select来处理accept。我想用tcp实现聊天。当然发送信息只用到socket，就不用select。发送消息
> > syswrite不行？不用阻塞。显示消息也要select，
>
> > On Apr 21, 2:59 pm, oscar <oscar.wan...@gmail.com> wrote:
> > > 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> > > client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> > > 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> > > hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> > > 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> > > 2 我如何实现这种聊天情况
>
> > > 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> > > 谢谢各位。
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2009年4月22日星期三

[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

2009/4/23 jim19gm <jim19gm@gmail.com>

作者应该翻译一个中文的。

欢迎贡献中文译文 :)) "Patches welcome!"

Cheers,
-agentzh

[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

作者应该翻译一个中文的。

2009-04-23

jim19gm

发件人： cnhack TNT

发送时间： 2009-04-23 12:53:29

收件人： perlchina

抄送：

主题： [PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

应该把这个当作是强迫自己学好英语的外在压力:-)

2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

和国际接轨了，可是大批的国内像我这样的土鳖就砍不了了

----- Original Message -----

From: raul

To: perlchina

Sent: 2009-04-23, 11:06:52

Subject: [PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

跟国际接轨 :)

--
i'm smallfish, back now. hah...
blog : http://annyraul.blogspot.com
old : http://hi.baidu.com/smallfish7788

2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

为啥不用中文写呢？

----- Original Message -----

From: agentzh

To: perlchina

Sent: 2009-04-23, 11:02:48

Subject: [PerlChina] SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

Hi, all~

这些日子我开发了 SSH::Batch 模块，用于大机器集群的操纵。它已经在 CPAN 上了：

   http://search.cpan.org/dist/SSH-Batch/

我刚写了一篇英文的博客文章介绍了一些相关细节，应 cnhackTNT 的提议，也贴到这里来：

   http://blog.agentzh.org/#post-105

其 git 仓库位置在

    http://github.com/agentzh/sshbatch/tree/master

欢迎 branch 它 :) 我会很乐意 pull 你的 branch 的，呵呵。

Best,
-agentzh

[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

应该把这个当作是强迫自己学好英语的外在压力:-)

2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

和国际接轨了，可是大批的国内像我这样的土鳖就砍不了了

----- Original Message -----

From: raul

To: perlchina

Sent: 2009-04-23, 11:06:52

Subject: [PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

跟国际接轨 :)

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2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

为啥不用中文写呢？

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Subject: [PerlChina] SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

Hi, all~

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   http://search.cpan.org/dist/SSH-Batch/

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[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

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和国际接轨了，可是大批的国内像我这样的土鳖就砍不了了

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Subject: [PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

跟国际接轨 :)

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2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

为啥不用中文写呢？

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Sent: 2009-04-23, 11:02:48

Subject: [PerlChina] SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

Hi, all~

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   http://search.cpan.org/dist/SSH-Batch/

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发帖者 lazayworm 时间： 20:13 没有评论:

[PerlChina] Re: SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

2009/4/23 于恩水 <yuenshui@gmail.com>

为啥不用中文写呢？

理由同 sunnavy++: "为了让更多的人看懂"，呵呵。。。当然，"更多"是指国家的数目 :P

Cheers,
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Sent: 2009-04-23, 11:02:48

Subject: [PerlChina] SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

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发帖者 lazayworm 时间： 20:05 没有评论:

[PerlChina] SSH::Batch: 把机器集群当作数学集合和区间

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[PerlChina] Re: The shortest wiki in perl.

这个本身就是为了参加 "Shortest Wiki Contest" 的，当然不能写得很直白

2009/4/23 jim19gm <jim19gm@gmail.com>

程序写成这样。。。一塌糊涂~~~

2009-04-23

jim19gm

发件人： cnhack TNT

发送时间： 2009-04-23 10:44:37

收件人： perlchina

抄送：

主题： [PerlChina] The shortest wiki in perl.

Hi all,

Maybe some of you have already known this, but it's cool anyway, check it out:

http://web.archive.org/web/20060301215335/http://caseywest.com/code/scripts/sigwik.txt

:-)

[PerlChina] Re: The shortest wiki in perl.

程序写成这样。。。一塌糊涂~~~

2009-04-23

jim19gm

发件人： cnhack TNT

发送时间： 2009-04-23 10:44:37

收件人： perlchina

抄送：

主题： [PerlChina] The shortest wiki in perl.

Hi all,

Maybe some of you have already known this, but it's cool anyway, check it out:

http://web.archive.org/web/20060301215335/http://caseywest.com/code/scripts/sigwik.txt

:-)
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[PerlChina] The shortest wiki in perl.

Hi all,

Maybe some of you have already known this, but it's cool anyway, check it out:

http://web.archive.org/web/20060301215335/http://caseywest.com/code/scripts/sigwik.txt

:-)

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2009年4月21日星期二

[PerlChina] SEXY HOT INDIAN ACTRESS IMAGES AND VIDEOS

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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

阻塞的反义词并非就是多线程，还有多线索。
这个领域的选择就很多了。

POE, Coro 都是可以考虑的多线索框架，都比 select 走的更远，也更容易写出成熟的程序。

http://search.cpan.org

2009/4/22 q11112345@gmail.com <q11112345@gmail.com>

请问你打算怎么显示消息。如果是在命令行消息立即显示就会冲掉正在输入的内容。这样就会显示有问题。你是怎么实现的。能不能新打开一个console或
shell专门用来显示信息。另外一个专门用来输入信息。用什么方法打开一个console窗口并把句柄传进去。或者在进程内部执行一个perl
script，用这个script来处理所有socket，来输出消息。
我现在也在写这个。我使用select来处理accept。我想用tcp实现聊天。当然发送信息只用到socket，就不用select。发送消息
syswrite不行？不用阻塞。显示消息也要select，

On Apr 21, 2:59 pm, oscar <oscar.wan...@gmail.com> wrote:
> 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> 2 我如何实现这种聊天情况
>
> 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> 谢谢各位。

[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

请问你打算怎么显示消息。如果是在命令行消息立即显示就会冲掉正在输入的内容。这样就会显示有问题。你是怎么实现的。能不能新打开一个console或
shell专门用来显示信息。另外一个专门用来输入信息。用什么方法打开一个console窗口并把句柄传进去。或者在进程内部执行一个perl
script，用这个script来处理所有socket，来输出消息。
我现在也在写这个。我使用select来处理accept。我想用tcp实现聊天。当然发送信息只用到socket，就不用select。发送消息
syswrite不行？不用阻塞。显示消息也要select，

On Apr 21, 2:59 pm, oscar <oscar.wan...@gmail.com> wrote:
> 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> 2 我如何实现这种聊天情况
>
> 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> 谢谢各位。
--~--~---------~--~----~------------~-------~--~----~
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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

On 4/21/09, oscar <oscar.wang07@gmail.com> wrote:

谢谢了，我主要是想实现 thread 间如何传递对象，实现聊天功能，网络传输方面已经没什么障碍了。你的材料也很好。谢谢了。

I think you may like to look at the threads::shared document. And also note that perl's threads model is very experimental (and very fragile the last time I checked).

Cheers,
-agentzh

[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

这讲的是 p2p 还是 c/s 模式啊, hehe

2009/4/21 oscar <oscar.wang07@gmail.com>

贴点聊天记录希望可以拓展大家的思路，谢谢了。

2009/4/21 wang oscar <oscar.wang07@gmail.com>
非常感谢，恩我看了下 5.6.0 以上的ithread 模型使用 thread:shared 在线程间的数据;
可以共享scalar
如果是hash 或是array的话其最终也必须是scalar的变量，这就比较麻烦，也为一个socket 是一个对象，不能直接共享。

我主线程中保存了所有socket 开始以为既然是线程就可以保留主进程资源的引用，不过载子线程的在socket->recv 就被阻塞了，其
他的不能调用。

郁闷。

希望大家帮帮忙。

2009/4/21 nsnake <loveme1314@gmail.com>

这个问题解释起来比较复杂，简单点的方法:对于thread来说，最大的好处就是可以变量共享，那么你可以把每个连接的socket存储成唯一的名称保
存到一个公共的变量之中，这样发送的时候只要对该socket发送即可
代码有条件的话可以参考《perl高级编程》里面也有类似的解决方法！

2009-04-21
nsnake
发件人： oscar
发送时间： 2009-04-21 16:20:02
收件人： CGI.NET
抄送：
主题： Re: 请教： perl thread 处理
兄弟能说的详细些吗？

我的实现是这样的
服务器 A 接收连接 client b 创建一个B线程并且把client socket 作为参数传进去
thread b{
while（1）{
$client_b - >recv( $buf , 200);
解析$buf;
发现要发信息给 client c;
# 问题出现了！！！
# 我必须要能调用到client c 的socket 才能给其发送要传送的信
息
# 没有找到方法实现 -_-||||||
}

}

谢谢大家帮忙了

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发帖者 lazayworm 时间： 11:42 没有评论:

[PerlChina] looking for Perl Developers in the U.S.

Perl contract position
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[PerlChina] Re: Apple Airport Extreme Base Station

另外，看到 spam 大家就直接忽略，不要回复。即使要抱怨，也最好另外发邮件。

lee

2009/4/20 Qiang (James) <shijialee@gmail.com>:
> xjdengz wrote:
>> PerlChina怎么这么多的spam
>
> 公共论坛，难免会有 spam. 我们会尽量及时删掉 spam 和 ban spam 用户。
>

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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

贴点聊天记录希望可以拓展大家的思路，谢谢了。

2009/4/21 wang oscar <oscar.wang07@gmail.com>
非常感谢，恩我看了下 5.6.0 以上的ithread 模型使用 thread:shared 在线程间的数据;
可以共享scalar
如果是hash 或是array的话其最终也必须是scalar的变量，这就比较麻烦，也为一个socket 是一个对象，不能直接共享。

我主线程中保存了所有socket 开始以为既然是线程就可以保留主进程资源的引用，不过载子线程的在socket->recv 就被阻塞了，其
他的不能调用。

郁闷。

希望大家帮帮忙。

2009/4/21 nsnake <loveme1314@gmail.com>

这个问题解释起来比较复杂，简单点的方法:对于thread来说，最大的好处就是可以变量共享，那么你可以把每个连接的socket存储成唯一的名称保
存到一个公共的变量之中，这样发送的时候只要对该socket发送即可
代码有条件的话可以参考《perl高级编程》里面也有类似的解决方法！

2009-04-21
nsnake
发件人： oscar
发送时间： 2009-04-21 16:20:02
收件人： CGI.NET
抄送：
主题： Re: 请教： perl thread 处理
兄弟能说的详细些吗？

我的实现是这样的
服务器 A 接收连接 client b 创建一个B线程并且把client socket 作为参数传进去
thread b{
while（1）{
$client_b - >recv( $buf , 200);
解析$buf;
发现要发信息给 client c;
# 问题出现了！！！
# 我必须要能调用到client c 的socket 才能给其发送要传送的信
息
# 没有找到方法实现 -_-||||||
}

}

谢谢大家帮忙了

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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

谢谢了，我主要是想实现 thread 间如何传递对象，实现聊天功能，网络传输方面已经没什么障碍了。你的材料也很好。谢谢了。

On Apr 21, 3:40 pm, "Mike.G" <hyli...@gmail.com> wrote:
> 你想用什么协议？用TCP还是UDP？
>
> UDP自己要设计应用协议。给你个例子。
> 找找《Perl网络编程》第19章。
> 有个完整的例子。
>
> 2009/4/21 oscar <oscar.wan...@gmail.com>:
>
> > 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> > client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> > 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> > hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> > 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> > 2 我如何实现这种聊天情况
>
> > 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> > 谢谢各位。
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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

你都thread了，那就让thread自己处理消息，每个连接都有自己唯一的thread id，发送信息的时候就用指定thread的id去执行任
务操作

On 4月21日, 下午2时59分, oscar <oscar.wan...@gmail.com> wrote:
> 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> 2 我如何实现这种聊天情况
>
> 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> 谢谢各位。
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[PerlChina] Re: 请教： perl thread 处理

你想用什么协议？用TCP还是UDP？

UDP自己要设计应用协议。给你个例子。
找找《Perl网络编程》第19章。
有个完整的例子。

2009/4/21 oscar <oscar.wang07@gmail.com>:
> 这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
> client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。
>
> 情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
> hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。
>
> 问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
> 2 我如何实现这种聊天情况
>
> 补充：我不想用IO::select 轮询
>
> 谢谢各位。
>
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> >
>

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2009年4月20日星期一

[PerlChina] 请教： perl thread 处理

这几天学习perl thread ，版本是5.10 ，我做了个与socket结合聊天的小例子，一个socket server , 每个监听到的
client，服务器都会创建一个thread去接受client 的信息。

情景：我想实现一个client 可以选择聊天的对象，我的想法是将所有的client发在一个hash 中，当一个聊天的请求到来时，在这个
hash中找到对应的client socket 进行发送。因为这个hash是主线程的，应该都可以访问到。

问题：1 这个client socket 可能同时发生接收和发送的信息的并发，会产生错误，
2 我如何实现这种聊天情况

补充：我不想用IO::select 轮询

谢谢各位。

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[PerlChina] Re: 美资500强公司急招Perl工程师（地点：西安/成都）

很简单啊，通过猎头招聘的啊

On 4/20/09, xsir317 <xsir317@163.com> wrote:

说话不清不楚含含糊糊的招聘广告多次发送是不是不太好啊？

留的电话经Google发现是陕西智联招聘的。

2009-04-20

xsir317

发件人： Lucille_gao

发送时间： 2009-04-20 15:45:10

收件人： PerlChina Mongers 讨论组

抄送：

主题： [PerlChina] 美资500强公司急招Perl工程师（地点：西安/成都）

We are looking for a team-oriented software developer with mid- to

high-experience level to work on developing and maintaining web-based

applications using a unique blend of open-source technologies and

languages ranging from traditional to cutting-edge. If you enjoy

working in a challenging atmosphere with other highly skilled and

motivated developers, we would be interested in speaking with you.

Candidate must possess advanced knowledge of:

* Perl, mod_perl

* Object Oriented programming

* Linux/Unix

* Apache

* SQL (Oracle preferred)

* Working with large volumes of data

* Good written and spoken communication skills are preferred

* Candidates should have B.S. degree in computer science or

equivalent

work experience

Additional skills preferred:

* C#

* TDD

* Design Patterns

* PHP

* AJAX

* HTML

* XML, XSLT

* Oracle reports

* Catalyst or equivalent MVC

Tel： 029-87625858-857

E-mail： lucille....@zhaopin.com

--
Yours Sincerely
Zeng Hong
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