比如你说的重复序列具体特征是什么?是某些列的值相等吗?
Regards! Andy Chen
Date: Tue, 25 Jan 2011 11:24:03 +0800
Subject: Re: [PerlChina] 去除重复序列的问题?
From: nifei1998@gmail.com
To: perlchina@googlegroups.com
多谢指导,不过我没怎么看明白。我是需要把全部行放到一起来做还是逐行匹配阿?
在 2011年1月25日 上午11:14,DXX <master2dou@gmail.com>写道:
写一个正则的匹配表达式,比如现在要修改第2种的,根据4写出一个正则,然后让所有的事件来和这条正则进行匹配,匹配的就去掉,不匹配的留下即可。2011/1/25 Fei Ni <nifei1998@gmail.com>
本地BLAST之后的结果:
ce_TREP251 ce_TREP251 100.00 200 0 0 1 200 1 200 1e-113 396
ce_TREP200 ce_TREP200 100.00 200 0 0 1 200 1 200 3e-99 349
ce_TREP1528 ce_TREP1528 100.00 200 0 0 1 200 1 200 1e-113 396
ce_TREP821 ce_TREP1438 93.00 200 13 1 1 200 1 199 9e-78 278
ce_TREP1438 ce_TREP821 93.00 200 13 1 1 199 1 200 9e-78 278
ce_TREP821 cs_TREP3162 85.23 149 22 0 1 149 1 149 1e-30 121
cs_TREP3162 ce_TREP821 85.23 149 22 0 1 149 1 149 1e-30 121
我想去掉其中的两种重复序列(1:1-3行,序列本身的BLAST结果;2:4-5行、6-7行,4和5 | 6和7是一样的结果,只保留一个就可以),
第一种很好去掉,但是第二种该如何去掉那(我在尝试着修改我的perl script,但到目前为止一直没有成功。。。)?
非常感谢!
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