2009/9/25 空格 <ribozyme2004@gmail.com>
这种容易组合爆炸的问题,最好还是不要用 Perl 了。。。Python/Ruby 应当也是类似的,呵呵。。。考虑到 Perl 散列底层的数据结构的实现,那个 RAM 占用太铺张了,哈哈!程序里用的还是一个散列,如前面各位说的,它对内存的消耗非常大。目前看,计算12核苷酸(12bp)长度的串使用了2G左右的内存。计算10bp串使
用大约800M内存。我还没有算13bp的情况。truncatei 说的调整为整型的那个我还没有加上去。
Cheers,
-agentzh
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