Re:Re: [PerlChina] DNA,DG值。

在 2011-07-12 20:19:25，"jie liu" <liujie.dhu@gmail.com> 写道：

大家好！

我这有个最优化问题，是关于求最大子集的，想请大家帮我想想。

问题的具体情形是这样的：

有一种指标dG，它能描述两两单链DNA互补杂交的热力学特征。我现在有400条DNA(编号为0，2，3...399)，它们组成一个集合；我现在要从这个集合中找到一个子集，这个子集里的任意两两DNA的dG值大于等于一个值（m=1）。因为符合这样条件的子集很多，我要找到含有最多DNA个数的那个子集。

我的方法是这样的：方便起见，400条DNA两两之间的dG，凡dG>=1的重新赋值为1，dG<1的重新赋值为0。我把这些值写入一个2维矩阵。如图1（见附件）。含有最多1的那一行所代表的DNA被选出来，并且把所有与这个DNA杂交指标为1的其他DNA序列的相互关系写入一个新的2维矩阵，同时也会得到一个含有最多1的那一行，把它选出来，重复上个运算。如此反复，最终筛选出来的DNA将组成最大子集。

我用perl写出来这个算法，但是当我扩大总DNA数时出现了问题：理论上，最大子集中DNA个数将不小于扩大之前的，但是实际上，情况相反。

请大家帮我看看，1）这个算法有问题吗？2）你能把你的办法写成伪代码告诉我吗？如果你能用perl写成源代码最好了。

-- 

Best regards,

Liu Jie

 

020-32015312

Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Sciences 

http://www.gibh.cas.cn/

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感觉算法似乎有问题：
举个反例吧，如果有九条DNA，分别编号0~8
                              4
                              |
                       1----0-----2        5------8
                              |                  |    X  |
                              3                 6-----7

上图分别表示0和1,2,3,4的dg值>1；5 ,6 ,7 , 8之间两两dg >1，但是按照你的算法的话，
首先取的DNA为0，但最大子集却是5,6,7,8（没有0）. 我也想不出什么好办法，等待高手吧。

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