Re: [PerlChina] Re: DNA,DG值。

附件忘加了，在这个邮件里

2011/7/14 jie liu <liujie.dhu@gmail.com>

朱岩，出了一些状况. 我造了一个  无向图 的矩阵数据。

——————data————————

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 0 0 0 0 0 0 0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0 0 1 0 1 0 0 0 0 0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

0 0 0 0 1 0 0 1 0 0

——————————

我用matlab可视化了这个graph，请见附件。

之后我用你的程序（我把K值改成了K>1）处理这个矩阵，显示的结果是：2，6，9这个节点。这与附件的图矛盾啊，2，6，9实际不是完全连通图啊。怎么回事？我先把结果反馈给大家，同时我也想想

—————— perl script——————————

use strict;

use Graph::Clique;

my @edges;

my %h;

my $nnz;       # num of non-zeros

# build up undirected graph

open FASTA, "<@ARGV";

while (<FASTA>) {

my $i = $. + 1;

my @a = split( / /, $_ );

for my $j ( 0 .. $#a ) {

if ( $a[$j] ) {

$nnz++;

my $e = $i <= $j ? $i . "," . $j : $j . "," . $i;

$h{$e}++;

}

}

}

foreach my $key ( sort keys %h ) {

my @a = split( /\,/, $key );

push @edges, [@a];

}

# find maximal clique

my @cliques;

for ( my $k = int( sqrt($nnz) ) ; $k > 1 ; $k-- ) {

@cliques = getcliques( $k, \@edges );

if ( $#cliques >= 0 ) {

last;

}

}

print join( "\n", @cliques ), "\n";

——————end————————————————

2011/7/14 朱岩 <riyeyan@gmail.com>

读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了

   

在 2011年7月14日 下午4:02，jie liu <liujie.dhu@gmail.com>写道：

我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。

但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...）

2011/7/14 nixin <nicene714@gmail.com>

果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。

On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <riye...@gmail.com> wrote:
> 图论解法：
>
> 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法；
> 这里只举了个10x10的小例子
> 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限
>
> use strict;
> use Graph::Clique;
>
> my @edges;
> my %h;
> my $nnz;  # num of non-zeros
>
> # build up undirected graph
>
> while(<DATA>){
> my $i = $.+1;
>  my @a = split(/ /,$_);
>  for my $j (0..$#a){
>   if ($a[$j]){
>    $nnz++;
> my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
> $h{$e}++;
>   }
>  }
>
> }
>
> foreach my $key (sort keys %h){
> my @a = split(/\,/, $key);
> push @edges, [@a];
>
> }
>
> # find maximal clique
>
> my @cliques;
>
> for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){
>  @cliques = getcliques($k,\@edges);
>  if ($#cliques >=0){
>   last;
>  }
>
> }
>
> print join("\n", @cliques),"\n";
>
> __DATA__
> 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0
> 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
> 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0

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Best regards,

Liu Jie

 

020-32015312

Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Sciences 

http://www.gibh.cas.cn/

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Yours, Yan Zhu

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