Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

在云生物上曾经有一个人问了一个一模一样的问题，不知道是不是同一个人，还是同班同学。
我在上面用Bioperl给出了一种解决方案，但是不知道为什么好像那个帖子找不到了。

在 2011年6月23日 下午1:03，jie liu <liujie.dhu@gmail.com>写道：

写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件

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###//////////////程序名称：..

###//////////////作者：盛夏

###//////////////时间：2011/06/22

###//////////////备注：序列处理部分的代码来源于 柳城

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#!/usr/bin/perl -w

$dirname = "D:/xProject/Perl/3";    #指定Random DNA sequences所在目录

opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";

while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {

#print("$filename\n");               #循环输出该目录下的文件。

$num = 0;

$/   = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n

open FASTA, "<$dirname/$filename";

open disc,     ">disc_$filename";     ## 生成一个文件保存描述信息

open seq,     ">seq_$filename";     ## 生成一个文件保存序列信息

open all,     ">all_$filename";     ## 生成一个文件记录完整的信息

while (<FASTA>) {

$seq_line = '';

s/>//g;

@seq = split "\n";

if (@seq) {

$desc = $seq[0];                ## 这是>后面的描述

chomp($desc);

foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'

chomp( $seq[$i] );

$seq[$i] =~ s/\n//g;        ## 把序列的换行符去掉

$seq_line .= $seq[$i];     ##把多行的Fasta序列转为一行

}

@seq2 = split(//,$seq_line);

foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'

if(($i+3)%3 != 0) {

$seq_line2 .= $seq2[$i];    

}else{

$seq_line2 .= $seq2[$i]." "; 

}

} 

print disc ">$desc\n";  

print seq ">\n$seq_line\n";

print all ">$desc\n$seq_line2\n"; 

}

}

close disc;                                    ## 关闭文件

close seq;                                     ## 关闭文件

close all;                                     ## 关闭文件

}

closedir(DIR);                                  ## 关闭目录

2011/6/23 xiumu <yangyang445544@126.com>

FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。

承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好

>1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE                                                   >:注释行
AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
数据内容
>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA

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Best regards,

Liu Jie

 

020-32015312

Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of Sciences 

http://www.gibh.cas.cn/

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