Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my ($from,$to) = ('A','Ala');

while (<DATA>)
{
chomp;
if ( ! /^>/)
{
s/$from/$to/g;
}
print "$_\n";
}


__DATA__
>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA






----- Original Message -----
From: "xiumu" <yangyang445544@126.com>
To: "PerlChina Mongers 讨论组" <perlchina@googlegroups.com>
Sent: Thursday, June 23, 2011 11:12 AM
Subject: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序


> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
>
> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>
>>1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >:注释行
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> 数据内容
>>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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