2011年1月24日星期一

Re: [PerlChina] 去除重复序列的问题?

写一个正则的匹配表达式,比如现在要修改第2种的,根据4写出一个正则,然后让所有的事件来和这条正则进行匹配,匹配的就去掉,不匹配的留下即可。

2011/1/25 Fei Ni <nifei1998@gmail.com>
本地BLAST之后的结果:
ce_TREP251    ce_TREP251    100.00    200    0    0    1    200    1    200    1e-113     396
ce_TREP200    ce_TREP200    100.00    200    0    0    1    200    1    200    3e-99     349
ce_TREP1528    ce_TREP1528    100.00    200    0    0    1    200    1    200    1e-113     396
ce_TREP821    ce_TREP1438    93.00    200    13    1    1    200    1    199    9e-78     278
ce_TREP1438    ce_TREP821    93.00    200    13    1    1    199    1    200    9e-78     278
ce_TREP821    cs_TREP3162    85.23    149    22    0    1    149    1    149    1e-30     121
cs_TREP3162    ce_TREP821    85.23    149    22    0    1    149    1    149    1e-30     121

我想去掉其中的两种重复序列(1:1-3行,序列本身的BLAST结果;2:4-5行、6-7行,4和5 | 6和7是一样的结果,只保留一个就可以),
第一种很好去掉,但是第二种该如何去掉那(我在尝试着修改我的perl script,但到目前为止一直没有成功。。。)?
非常感谢!
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Feiny

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