[PerlChina] Re: 请教一个bioinformatics问题――质粒作图

比较炫啵。。。



Jester wrote:

呵呵在机器上找到一个，多年前作的圈图，不知道是不是你想要的样子。不过，原程序一时不知道放哪里了......:(

 

其实挺简单，就是GD，按照每个基因的位置计算在圆周上的位置（平面几何，中学知识），然后用polygen做。

我没有做箭头（会比较复杂一些），而是用了内外圈表示正负链。当然如果是小质粒，做个箭头会更好看些。

里面的两个是GC content和GC skew，可有可无，只为了好看而已。

 

 

Jester，jester@perlchina.org

2009-11-04

----- Original Message -----

From: 程方圆

To: perlchina

Sent: 2009-11-02, 17:06:16

Subject: [PerlChina] 请教一个bioinformatics问题----质粒作图

我想用Perl实现质粒作图，不知道如何下手。
BioPerl貌似不能解决这个问题，Bio::Graphics只能做线性的图。

这个问题实在不知道该怎么入手，希望高手能指点一二。

谢谢！

fangyuan
2009-11-02


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