[PerlChina] Re: 编写提取染色体CDS的问题

只要CDS的话，直接去UCSC下载就好了，这里要什么有什么。

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/

bioperl够你研究半个月了，

如果不是非常需要设计复杂的序列分析程序的话，还是直接下现成的好。

Jie Zhou
Department of Human Genetics,
Institute of Genomics and Systems Biology,
University of Chicago
920 East 58th Street, CLSC 431
Chicago, IL 60637

2009/5/2 Jie Zhou <jiezhou@uchicago.edu>

只要CDS的话，直接去UCSC下载就好了，这里要什么有什么。

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/

bioperl够你研究半个月了，如果不是非常需要设计复杂的序列分析程序的话，还是直接下现成的好。

Best,
Jie Zhou
Department of Human Genetics,
Institute of Genomics and Systems Biology,
University of Chicago
920 East 58th Street, CLSC 431
Chicago, IL 60637

2009/5/2 Zhen Li <yaleon.lee@gmail.com>

这么多生物的啊。。。

2009/4/24 空格 <ribozyme2004@gmail.com>

其实如果只是要cds序列而且基因组不是很怪异的话。网上有很好的注释好的数据库。
比如这个：
http://www.biomart.org/biomart/martview/7178ef1118712fec84bc18e808e0811a

直接可以得到ensembl测序的几十种基因组的cds exon intron promotor sequence等等以及相关的注释。

从工作效率的角度考虑，建议楼主还是研究一下怎么从这里下载数据。当然如果想学习一下Perl还是研究一下代码吧。
呵呵。。。。

On 4月23日, 下午8时52分, guo <sczz...@126.com> wrote:

> 我在windows上下载安装了activeperl，想编写给程序把人类染色体序列上的编码区也就是CDS给提取出来。有朋友说用bioperl模块
> 来编程效率更高。可是我不会用。自己试着使用ppm来安装bioperl也没有成功。
> 现在主要是想请教一下，有没有人会bioperl，或者activperl的，能不能帮我写一个程序来把人类染色体序列中的CDS提取出来。
> 染色体序列我已经从NCBI上下载下来了。就是不知道如何编写程序。请教高手。
> 即使程序付费，我也愿意。
> 希望广大perl友帮忙。

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