[PerlChina] 问一个perl在双核机器或者并行机器上运行的问题

Blast本身支持多CPU的，不如直接用-a 4参数给blastall，然后还是顺序调用四次，这样其实比你同时运行4个blast效率高。
个人意见，供参考。


Jester

----- Original Message -----
From: "空格" <ribozyme2004@gmail.com>
To: "PerlChina 论坛" <perlchina@googlegroups.com>
Sent: Wednesday, January 14, 2009 11:04 PM
Subject: [PerlChina] Re: 问一个perl在双核机器或者并行机器上运行的问题


> 多谢楼上几位的回复。
> 我想做的事是这样的：我的程序要独立进行四次调用外部程序的计算。就是BLAST，做生物信息的会知道，全基因组的BLAST会很花时间。目前的程序是
> 只能在一个CPU上依次跑完这四个blast程序。所以我想把原来的程序改进成能同时进行这四个BLAST。这样可以大大节省计算时间。也许开多线程是
> 比较合适的方法。。。
> 谢谢诸位。我再去看看讲多线程的东西吧。呵呵。
>
> On 1月14日, 下午5时50分, cool J <jcoooo...@gmail.com> wrote:
> > 多核利用就程序方面而言，最简单的就是开多线程。但也不可能达到完全的均衡，因为程序在cpu core之间的移动也是要开销的，例如linux
> > kernel就允许有25%的差别，在这个差别之内即使不均衡，系统也不会有任何的动作。
> >
> > 2009/1/14 agentzh <agen...@gmail.com>
> >
> >
> >
> > > 2009/1/14 空格 <ribozyme2...@gmail.com>
> >
> > >> 如何让程序能利用多个节点的计算能力，或者如何在双核机器上使程序能利用两个核的计算能力？
> >
> > > 让单计算使用 SMP（Symmetric multiprocessing<http://en.wikipedia.org/wiki/Symmetric_multiprocessing>），多是使用多线程或者多进程了。而且多线程还须是多
> > > OS 线程，而非多 IO 线程（或者说"纤程"）。不过我们经常看到让一个程序同时用满多个核相对比较容易，而让用满 2 个核时比只用满 1
> > > 个核还要快一些却是比较困难的（需要程序员做非常多的工作，同时也需要计算本身是适于并行的）。更多地，我们会看到，在同一台双核的机器上，同一个程序，用满 2
> > > 个核反而比单用 1 个核（使用纤程或者不使用纤程）的方式要慢。
> >
> > > Haskell 程序员们一直对 SMP 编程和多线程非常执着，呵呵，毕竟在这种纯净的副作用高度可控的函数式语言中，作并行是相对容易的。GHC
> > > 的老大说没有特别的理由，就不因使用 forkOS （与 forkIO 相对）。因为前者几乎总是比后者跑得更慢。OS 线程的切换开销是相当高的。
> >
> > > 所以大家流行的做法是多进程同时对不同的任务作彼此相对独立的计算。对于并发要求高的场合，比如 web server，则采取多进程 +
> > > 多纤程。Erlang 就是纤程王子了，memcached 也是了，lighttpd 也算一个，呵呵。
> >
> > > 我个人并不是这个领域的专家，多是道听途说，班门弄斧了，见笑 ;)
> >
> > > -agentzh
> >
> > --
> > <<END
> > 有人教我们怎么做题，有人教我们怎么画画，有人教我们怎么工作，但是，没有人曾经告诉我们怎么去思考，更没有人告诉我们怎么去获得自由。
> > END
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