2012年10月30日星期二

Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看

其实fgrep -w abc就行了，或者要精确的话awk -F'[. ]+' '$2~"\\<604354\\>"'
On 2012年10月30日 16:04, zzhiou wrote:
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Re: Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看


Shell更快...

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2012年10月29日星期一

Re: Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看

偶觉得他应该是问  ” 如何通过正则表达式来匹配到这个基因的ID吗？ “
他可能是想直接匹到一行输出就行了。

2012/10/30 zehui.hug <zehui.hug@gmail.com>
"请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？"
不太明白，你是指对每一行，如何通过正则表达式来匹配到这个基因的ID吗？
不清楚你是单纯查询呢还是要按基因统计呢？
 
zehui.hug
 
发件人： Zhang Ming
发送时间： 2012-10-30 11:31
收件人： perlchina
抄送： lixiangchenxy
主题： Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看
open FILE, $gen_file or die "cannot open file";
while (<FILE>) {
    print $_ if $_ =~ /$id/;
}
close FILE;

2012/10/30 李相辰 <lixiangchenxy@gmail.com>
我在处理一个基因文本，部分内容如下：
COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212
COG1110 598659.NAMH_1071 1 1060 
COG1110 593117.TGAM_1679 1 1216 
COG1110 590168.Tnap_0803 1 1104 
COG1110 579137.Metvu_1264 1 865 
COG1110 573064.Mefer_0049 6 869 
COG1110 563041.HPG27_964 428 531
.......
我想用perl编写一个程序来匹配这些文本中相同ID的基因，如输入“604354”匹配出“COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212”，这一行，请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？谢谢！

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-ming

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回复: Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看

"请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？"
不太明白，你是指对每一行，如何通过正则表达式来匹配到这个基因的ID吗？
不清楚你是单纯查询呢还是要按基因统计呢？
 
zehui.hug
 
发件人： Zhang Ming
发送时间： 2012-10-30 11:31
收件人： perlchina
抄送： lixiangchenxy
主题： Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看
open FILE, $gen_file or die "cannot open file";
while (<FILE>) {
    print $_ if $_ =~ /$id/;
}
close FILE;

2012/10/30 李相辰 <lixiangchenxy@gmail.com>
我在处理一个基因文本，部分内容如下：
COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212
COG1110 598659.NAMH_1071 1 1060 
COG1110 593117.TGAM_1679 1 1216 
COG1110 590168.Tnap_0803 1 1104 
COG1110 579137.Metvu_1264 1 865 
COG1110 573064.Mefer_0049 6 869 
COG1110 563041.HPG27_964 428 531
.......
我想用perl编写一个程序来匹配这些文本中相同ID的基因，如输入"604354"匹配出"COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212"，这一行，请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？谢谢！

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Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看

open FILE, $gen_file or die "cannot open file";
while (<FILE>) {
    print $_ if $_ =~ /$id/;
}
close FILE;

2012/10/30 李相辰 <lixiangchenxy@gmail.com>
我在处理一个基因文本，部分内容如下：
COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212
COG1110 598659.NAMH_1071 1 1060 
COG1110 593117.TGAM_1679 1 1216 
COG1110 590168.Tnap_0803 1 1104 
COG1110 579137.Metvu_1264 1 865 
COG1110 573064.Mefer_0049 6 869 
COG1110 563041.HPG27_964 428 531
.......
我想用perl编写一个程序来匹配这些文本中相同ID的基因，如输入“604354”匹配出“COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212”，这一行，请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？谢谢！

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Re: [PerlChina] 新手求助，匹配问题，请大家帮忙看看

问题有点不够具体，不知道想问什么

Perl里数字和字符串大致上可以互用

2012/10/30 李相辰 <lixiangchenxy@gmail.com>
我在处理一个基因文本，部分内容如下：
COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212
COG1110 598659.NAMH_1071 1 1060 
COG1110 593117.TGAM_1679 1 1216 
COG1110 590168.Tnap_0803 1 1104 
COG1110 579137.Metvu_1264 1 865 
COG1110 573064.Mefer_0049 6 869 
COG1110 563041.HPG27_964 428 531
.......
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我在处理一个基因文本，部分内容如下：
COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212
COG1110 598659.NAMH_1071 1 1060 
COG1110 593117.TGAM_1679 1 1216 
COG1110 590168.Tnap_0803 1 1104 
COG1110 579137.Metvu_1264 1 865 
COG1110 573064.Mefer_0049 6 869 
COG1110 563041.HPG27_964 428 531
.......
我想用perl编写一个程序来匹配这些文本中相同ID的基因，如输入“604354”匹配出“COG1110 604354.TSIB_0530 1 1212”，这一行，请问如何用具体的数字来匹配这写文本呢？谢谢！

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